Elucidating the dynamics of the 3D GPCRome

Mostra el registre complet Registre parcial de l'ítem

• dc.contributor.author Aranda-García, David
• dc.contributor.other Selent, Jana
• dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida
• dc.date.accessioned 2025-02-12T05:36:30Z
• dc.date.available 2025-02-12T05:36:30Z
• dc.date.issued 2025-02-11T15:29:27Z
• dc.date.issued 2025-01-30
• dc.date.issued 2025-07-30T01:00:00Z
• dc.date.modified 2025-02-11T17:39:40Z
• dc.description.abstract G Protein-Coupled Receptors (GPCRs) are a diverse protein family integral to a wide range of physiological processes. Although their three-dimensional structures have been extensively characterised through experimental methods, these approaches provide only static snapshots of these inherently flexible and dynamic proteins. In this thesis, we have generated two extensive datasets of Molecular Dynamics (MD) simulations of GPCRs, including GPCR-transducer protein complexes. Employing these datasets we explored various dynamic features of GPCRs, such as conformational equilibrium, the formation of pockets and tunnels by membrane lipids and the role played by non-covalent interactions in transducer selectivity. Additionally, we have developed interactive online tools within the GPCRmd web server (www.gpcrmd.org) to make our results replicable and accessible to the broader scientific community. These unprecedented datasets and insights shed light on critical aspects of GPCR dynamic functionality, provide new tools for MD simulation analysis and open new avenues for future research in this field.
• dc.description.abstract Els Receptors acoblats a proteïna G (GPCRs) estan implicats en una gran varietat de processos biològics. Malgrat les seves estructures tri-dimensionals han estat estudiades en detall, aquestes proveeixen només una imatge estàtica d’unes proteïnes inherentment dinàmiques i flexibles. En aquesta tesi, hem creat dos datasets de simulacions Dinàmiques Moleculars (MD) de GPCRs, incloent-hi complexos GPCRs-transductor. Fent ús d'aquests datasets, hem investigat diversos aspectes dinàmics de les GPCR, com ara l’equilibri conformacional, la formació de llocs al·lostèrics i túnels pels lípids de membrana, i el rol de les interaccions no covalents en la selectivitat de transductors. A més, hem desenvolupat un conjunt d'eines interactives on-line al nostre servidor web GPCRmd (www.gpcrmd.org) per fer els nostres resultats reproduïbles i accessibles a la comunitat científica. En conjunt, aquests datasets i descobriments sense precedent revelen aspectes crítics sobre la funcionalitat de les GPCR, proveeixen noves eines per l'anàlisi de simulacions i obren noves vies d'investigació en aquest camp.
• dc.description.abstract Programa de Doctorat en Biomedicina
• dc.format 154 p.
• dc.format application/pdf
• dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/693636
• dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/69565
• dc.language.iso eng
• dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
• dc.rights ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
• dc.rights info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
• dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
• dc.subject.keyword Receptor Acoblat a Proteïna G (GPCR)
• dc.subject.keyword Biologia estructural
• dc.subject.keyword Proteïna G
• dc.subject.keyword Descobriment de fàrmacs
• dc.subject.keyword Dinàmica molecular (MD)
• dc.subject.keyword G protein-Coupled receptor (GPCR)
• dc.subject.keyword Structural biology
• dc.subject.keyword G-proteins
• dc.subject.keyword Drug discovery
• dc.subject.keyword Molecular Dynamics (MD)
• dc.subject.keyword 577
• dc.title Elucidating the dynamics of the 3D GPCRome
• dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
• dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion