Welcome to the UPF Digital Repository

Bioinformatic analysis of epigenetic regulatory mechanisms in development and disease

Show simple item record

dc.contributor.author González Ramírez, Mar, 1991-
dc.contributor.other Di Croce, Luciano
dc.contributor.other Blanco García, Enrique
dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.date.accessioned 2023-03-21T02:32:13Z
dc.date.available 2023-03-21T02:32:13Z
dc.date.issued 2021-04-09T15:29:58Z
dc.date.issued 2023-03-19T23:45:30Z
dc.date.issued 2021-03-19
dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/671370
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/47081
dc.description.abstract Appropriate regulation of gene expression is necessary for correct development and homeostasis of organisms. Epigenetic mechanisms represent an additional layer of information, besides the genetic sequence, crucial for the correct functioning of each cell. Histone modifications, which modulate and are associated to transcriptional activation or repression, are a major epigenetic feature. Thanks to predictive modelling, we have studied which histone modifications relate better to enhancer or promoter function in mouse embryonic stem cells, during differentiation and in animal development. We have found that different histone modifications relate better to enhancers or promoters, respectively. We have studied the role of poised enhancers during differentiation and development. We have seen that poised enhancer activation is not exclusive of the neural lineage, but a general mechanism implicated in differentiation of every cell type. We have characterized the epigenetic landscape of Cushing’s syndrome. We have found persistent epigenetic and transcriptional alterations after long-term remission of the disease, related to a deep alteration of the circadian rhythm. These findings promise to be relevant for future therapeutic advances.
dc.description.abstract Una regulació apropiada de l’expressió gènica és necessària per a un correcte desenvolupament i homeòstasi dels organismes. Els mecanismes epigenètics representen una informació addicional, a més de la seqüència genètica, crucial per al correcte funcionament de cada cèl·lula. Les modificacions d’histones, que modulen i s’associen a activació o repressió transcripcionals, són una característica epigenètica important. Gràcies al modelatge predictiu, hem estudiat quines modificacions d’histones es relacionen millor amb la funció dels enhancers o promotors en cèl·lules mare embrionàries de ratolí, durant la diferenciació i en el desenvolupament animal. Hem trobat que modificacions d’histones diferents es relacionen millor amb enhancers o promotors, respectivament. Hem estudiat el rol dels poised enhancers durant la diferenciació i el desenvolupament. Hem vist que l’activació dels poised enhancers no és exclusiva del llinatge neural, sinó un mecanisme implicat en la diferenciació de tot tipus cel·lular. Hem caracteritzat el paisatge epigenètic de la síndrome de Cushing. Hem trobat alteracions epigenètiques i transcripcionals després d’una remissió de la malaltia a llarg termini, relacionades amb una profunda alteració del ritme circadiari. Aquestes troballes prometen ser rellevants per a futurs avenços terapèutics.
dc.format 252 p.
dc.format application/pdf
dc.format application/pdf
dc.language.iso eng
dc.rights L'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.title Bioinformatic analysis of epigenetic regulatory mechanisms in development and disease
dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.modified 2023-03-19T23:45:32Z
dc.subject.keyword Keywords: epigenetics, poised enhancers, mouse embryonic stem cells, development, Cushing’s syndrome. Paraules clau: epigenètica, poised enhancers, cèl·lules mare embrionàries de ratolí, desenvolupament, Síndrome de Cushing
dc.subject.keyword Epigenetics
dc.subject.keyword Poised enhancers
dc.subject.keyword Mouse embryonic stem cells
dc.subject.keyword Development
dc.subject.keyword Cushing's syndrome
dc.subject.keyword Epigenètica
dc.subject.keyword Cél.lules mare embrionàries de ratolí
dc.subject.keyword Síndrome de Cushing
dc.subject.keyword 573


Files in this item

Files Size Format View

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search DSpace


Advanced Search

Browse

My Account

Statistics

Compliant to Partaking