Welcome to the UPF Digital Repository

Full characterization of the small RNA transcriptome using novel computational methods for high-throughput sequencing data: study of miRNA variability in eukaryote organisms.

Show simple item record

dc.contributor.author Pantano Rubiño, Lorena
dc.contributor.other Martí Puig, Eulàlia
dc.contributor.other Estivill, Xavier, 1955-
dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.date.accessioned 2017-09-25T02:04:52Z
dc.date.available 2017-09-25T02:04:52Z
dc.date.issued 2011-09-26
dc.identifier B. 41982-2011
dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/53576
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/16150
dc.description.abstract In this thesis we have developed a user-friendly tool, SeqBuster, for the analysis of small RNA (sRNA) data generated by next generation sequencing strategies, with special emphasis on deep characterization of miRNA variants (isomiRs). We tested the tool using public datasets, revealing an unexpected amount of isomiRs in the total miRNA profile in different species. In addition, we detected all known classes of non-miRNA sRNAs and new sRNAs with a still unassigned function. Furthermore, we studied the implication of miRNAs and isomiRs in human brain development and aging and in Huntington disease, concluding that miRNAs/isomiRs may contribute to central nervous system physiological and pathological conditions. Overall, our results have uncovered a new layer of complexity in miRNAs, with probable consequences in mRNA mediated gene expression regulation underlying different biological functions. Furthermore SeqBuster may be extremely useful to identify sRNA sequences with a putative regulation role in selective biological processes
dc.description.abstract En esta tesis hemos desarrollado una herramienta, SeqBuster, para el análisis de datos de RNA (sRNA) de pequeño tamaño generados por las nuevas tecnologías de secuenciación, con especial énfasis en la caracterización de variantes de los miRNAs. Aplicamos la herramienta a datos públicos de secuenciación, lo que reveló una inesperada abundancia de isomiRs en diferentes especies. Ademas, detectamos todas las clases conocidas de otros sRNAs y de nuevos sRNAs con funciones desconocidas. También estudiamos la implicación de los miRNAs e isomiRs en el desarrollo y envejecimiento del cerebro humano, y en la enfermedad de Huntington. Nuestros resultados resaltan una posible importancia de la plasticidad de secuencia de los miRNAs, con probables consecuencias en la regulación de la expresión génica, subyacente a varias funciones biológicas. Por último, SeqBuster, podría ser extremadamente útil para identificar nuevos sRNAs con una posible función en determinados procesos biológicos.
dc.format application/pdf
dc.format 270 p.
dc.language.iso eng
dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.title Full characterization of the small RNA transcriptome using novel computational methods for high-throughput sequencing data: study of miRNA variability in eukaryote organisms.
dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.modified 2017-09-23T11:28:35Z
dc.subject.keyword Non-coding RNA
dc.subject.keyword Small RNA
dc.subject.keyword MiRNA
dc.subject.keyword IsomiR
dc.subject.keyword Next generation sequencing
dc.subject.keyword Bioinformatics tool
dc.subject.keyword ARN no codificante
dc.subject.keyword ARN de pequeño tamaño
dc.subject.keyword Secuenciación de alto rendimiento
dc.subject.keyword Herramienta bioinformática
dc.subject.keyword 57


Files in this item

Files Size Format View

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search DSpace


Advanced Search

Browse

My Account

Statistics

Compliant to Partaking