Full characterization of the small RNA transcriptome using novel computational methods for high-throughput sequencing data: study of miRNA variability in eukaryote organisms.
Mostra el registre complet Registre parcial de l'ítem
- dc.contributor.author Pantano Rubiño, Lorena
- dc.contributor.other Martí Puig, Eulàlia
- dc.contributor.other Estivill, Xavier
- dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
- dc.date.accessioned 2024-03-16T02:33:51Z
- dc.date.available 2024-03-16T02:33:51Z
- dc.date.issued 2012-01-26T10:16:47Z
- dc.date.issued 2012-01-26T10:16:47Z
- dc.date.issued 2011-09-26
- dc.date.modified 2024-03-15T10:57:29Z
- dc.description.abstract In this thesis we have developed a user-friendly tool, SeqBuster, for the analysis of small RNA (sRNA) data generated by next generation sequencing strategies, with special emphasis on deep characterization of miRNA variants (isomiRs). We tested the tool using public datasets, revealing an unexpected amount of isomiRs in the total miRNA profile in different species. In addition, we detected all known classes of non-miRNA sRNAs and new sRNAs with a still unassigned function. Furthermore, we studied the implication of miRNAs and isomiRs in human brain development and aging and in Huntington disease, concluding that miRNAs/isomiRs may contribute to central nervous system physiological and pathological conditions. Overall, our results have uncovered a new layer of complexity in miRNAs, with probable consequences in mRNA mediated gene expression regulation underlying different biological functions. Furthermore SeqBuster may be extremely useful to identify sRNA sequences with a putative regulation role in selective biological processes
- dc.description.abstract En esta tesis hemos desarrollado una herramienta, SeqBuster, para el análisis de datos de RNA (sRNA) de pequeño tamaño generados por las nuevas tecnologías de secuenciación, con especial énfasis en la caracterización de variantes de los miRNAs. Aplicamos la herramienta a datos públicos de secuenciación, lo que reveló una inesperada abundancia de isomiRs en diferentes especies. Ademas, detectamos todas las clases conocidas de otros sRNAs y de nuevos sRNAs con funciones desconocidas. También estudiamos la implicación de los miRNAs e isomiRs en el desarrollo y envejecimiento del cerebro humano, y en la enfermedad de Huntington. Nuestros resultados resaltan una posible importancia de la plasticidad de secuencia de los miRNAs, con probables consecuencias en la regulación de la expresión génica, subyacente a varias funciones biológicas. Por último, SeqBuster, podría ser extremadamente útil para identificar nuevos sRNAs con una posible función en determinados procesos biológicos.
- dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
- dc.format 270 p.
- dc.format application/pdf
- dc.format application/pdf
- dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/53576
- dc.identifier B. 41982-2011
- dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/16150
- dc.language.iso eng
- dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
- dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
- dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
- dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
- dc.subject.keyword Non-coding RNA
- dc.subject.keyword Small RNA
- dc.subject.keyword MiRNA
- dc.subject.keyword IsomiR
- dc.subject.keyword Next generation sequencing
- dc.subject.keyword Bioinformatics tool
- dc.subject.keyword ARN no codificante
- dc.subject.keyword ARN de pequeño tamaño
- dc.subject.keyword Secuenciación de alto rendimiento
- dc.subject.keyword Herramienta bioinformática
- dc.subject.keyword 577
- dc.title Full characterization of the small RNA transcriptome using novel computational methods for high-throughput sequencing data: study of miRNA variability in eukaryote organisms.
- dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
- dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion