In this thesis we have developed a user-friendly tool, SeqBuster, for the
analysis of small RNA (sRNA) data generated by next generation sequencing
strategies, with special emphasis on deep characterization of miRNA variants
(isomiRs). We tested the tool using public datasets, revealing an unexpected
amount of isomiRs in the total miRNA profile in different species. In addition,
we detected all known classes of non-miRNA sRNAs and new sRNAs with a
still unassigned function. Furthermore, we studied ...
In this thesis we have developed a user-friendly tool, SeqBuster, for the
analysis of small RNA (sRNA) data generated by next generation sequencing
strategies, with special emphasis on deep characterization of miRNA variants
(isomiRs). We tested the tool using public datasets, revealing an unexpected
amount of isomiRs in the total miRNA profile in different species. In addition,
we detected all known classes of non-miRNA sRNAs and new sRNAs with a
still unassigned function. Furthermore, we studied the implication of miRNAs
and isomiRs in human brain development and aging and in Huntington
disease, concluding that miRNAs/isomiRs may contribute to central nervous
system physiological and pathological conditions. Overall, our results have
uncovered a new layer of complexity in miRNAs, with probable consequences
in mRNA mediated gene expression regulation underlying different biological
functions. Furthermore SeqBuster may be extremely useful to identify sRNA
sequences with a putative regulation role in selective biological processes
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En esta tesis hemos desarrollado una herramienta, SeqBuster, para el
análisis de datos de RNA (sRNA) de pequeño tamaño generados por las
nuevas tecnologías de secuenciación, con especial énfasis en la
caracterización de variantes de los miRNAs. Aplicamos la herramienta a
datos públicos de secuenciación, lo que reveló una inesperada abundancia
de isomiRs en diferentes especies. Ademas, detectamos todas las clases
conocidas de otros sRNAs y de nuevos sRNAs con funciones desconocidas.
También estudiamos ...
En esta tesis hemos desarrollado una herramienta, SeqBuster, para el
análisis de datos de RNA (sRNA) de pequeño tamaño generados por las
nuevas tecnologías de secuenciación, con especial énfasis en la
caracterización de variantes de los miRNAs. Aplicamos la herramienta a
datos públicos de secuenciación, lo que reveló una inesperada abundancia
de isomiRs en diferentes especies. Ademas, detectamos todas las clases
conocidas de otros sRNAs y de nuevos sRNAs con funciones desconocidas.
También estudiamos la implicación de los miRNAs e isomiRs en el desarrollo
y envejecimiento del cerebro humano, y en la enfermedad de Huntington.
Nuestros resultados resaltan una posible importancia de la plasticidad de
secuencia de los miRNAs, con probables consecuencias en la regulación de
la expresión génica, subyacente a varias funciones biológicas. Por último,
SeqBuster, podría ser extremadamente útil para identificar nuevos sRNAs
con una posible función en determinados procesos biológicos.
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