Capture and identification of carbohydrate-binding proteins by SPR and CREDEX-MS

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• dc.contributor.author Jiménez-Castells, Carmen
• dc.contributor.other Gutiérrez Gallego, Ricardo
• dc.contributor.other Andreu Martínez, David
• dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
• dc.date.accessioned 2024-10-19T01:35:48Z
• dc.date.available 2024-10-19T01:35:48Z
• dc.date.issued 2011-04-12T16:30:17Z
• dc.date.issued 2011-03-11
• dc.date.issued 2010-12-20
• dc.date.issued 2011-03-11
• dc.date.modified 2024-10-03T03:39:49Z
• dc.description.abstract Carbohydrate-binding proteins of non-immunological origin -lectins- have been recognized over the last decades as decisive players in numerous biological processes, ranging from cellcell communication, fertilization, pathogen-cell adhesion to metastasis. Consequently, there is an increasing interest in finding powerful and nanosized tools to screen for these molecules and to study their carbohydrate interactions in detail. Here, two complementary approaches are described to characterize lectin-carbohydrate interactions with high sensitivity, low sample consumption, and without the need for sample labelling: SPR and CREDEX-MS. In SPR, we have developed an approach where the sugar is immobilized onto a sensor surface through a tailor-made peptide module that allows (1) to capture the lectin, (2) to characterize the interaction through kinetic and thermodynamic parameters, and (3) to identify the interacted protein by mass spectrometry. In CREDEX-MS, based on proteolytic excision of proteincarbohydrate complexes and mass spectrometric analysis, the peptides comforming the carbohydrate binding domain are identified.
• dc.description.abstract Las lectinas (proteínas de origen no inmune capaces de reconocer azúcares) se han revelado en las últimas décadas como participantes cruciales en multitud de procesos biológicos, tales como la comunicación célula-célula, la fertilización, la adhesión del patógeno a la célula y la metástasis, entre muchos otros. Por lo tanto, existe un gran interés en el desarrollo de técnicas analíticas potentes para el estudio de las interacciones lectina-carbohidrato. En este trabajo, se describen dos aproximaciones complementarias mediante las cuales se pueden caracterizar las interacciones lectinas-azúcar con gran sensibilidad, poca utilización de muestra y sin la necesitad de ningún marcaje. En la técnica basada en resonancia de plasmón superficial (SPR), el azúcar es inmovilizado sobre una superficie a través de un módulo peptídico, lo cual permite (1) capturar la lectina, (2) caracterizar su interacción mediante parámetros cinéticos y termodinámicos y (3) identificar posteriormente la proteína mediante espectrometría de masas. Complementariamente, la técnica CREDEX-MS, basada en la excisión proteolítica del complejo proteína-azúcar y posterior análisis por espectrometría de masas, nos permite identificar los péptidos que forman parte del dominio de unión al azúcar.
• dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
• dc.format application/pdf
• dc.format application/pdf
• dc.identifier 978-84-694-3915-9
• dc.identifier http://www.tdx.cat/TDX-0311111-144549
• dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/7237
• dc.identifier B.13213-2011
• dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/11857
• dc.language.iso eng
• dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
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• dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
• dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
• dc.subject.keyword glycopeptide probe
• dc.subject.keyword Erythrina cristagalli agglutinin
• dc.subject.keyword concanavalin A
• dc.subject.keyword chemoselective ligation
• dc.subject.keyword carbohydrates
• dc.subject.keyword carbohydrate-lectin interactions
• dc.subject.keyword aminooxyacetic acid
• dc.subject.keyword tripsina
• dc.subject.keyword SPR-MS
• dc.subject.keyword sonda glicopeptídica
• dc.subject.keyword síntesis en fase sólida
• dc.subject.keyword resonancia de plasmón superficial
• dc.subject.keyword proteólisis limitada
• dc.subject.keyword oxima
• dc.subject.keyword oligosacáridos
• dc.subject.keyword N-acetyl-lactosamina
• dc.subject.keyword monosacáridos
• dc.subject.keyword MALDI-TOF
• dc.subject.keyword lectinas vegetales
• dc.subject.keyword lectina de Erythrina cristagalli
• dc.subject.keyword interacción lectina-carbohidrato
• dc.subject.keyword espectrometría de masas
• dc.subject.keyword conjugación selectiva
• dc.subject.keyword concanavalina A
• dc.subject.keyword carbohidrato
• dc.subject.keyword ácido siálico
• dc.subject.keyword ácido aminooxiacético
• dc.subject.keyword limited proteolysis
• dc.subject.keyword mass spectrometry
• dc.subject.keyword monosaccharides
• dc.subject.keyword N-acetyl-lactosamine
• dc.subject.keyword oligosaccharides
• dc.subject.keyword oxime
• dc.subject.keyword plant lectins
• dc.subject.keyword sialic acid
• dc.subject.keyword Solid Phase Peptide Synthesis
• dc.subject.keyword SPR-MS
• dc.subject.keyword Surface Plasmon Resonance
• dc.subject.keyword trypsin
• dc.subject.keyword 577
• dc.title Capture and identification of carbohydrate-binding proteins by SPR and CREDEX-MS
• dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
• dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion