Predictions of RNA-binding ability and aggregation propensity of proteins

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• dc.contributor.author Agostini, Federico
• dc.contributor.other Tartaglia, Gian Gaetano
• dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
• dc.date.accessioned 2024-03-16T02:33:49Z
• dc.date.available 2024-03-16T02:33:49Z
• dc.date.issued 2015-11-10T11:50:32Z
• dc.date.issued 2015-11-10T11:50:32Z
• dc.date.issued 2014-06-16
• dc.date.modified 2024-03-15T10:57:24Z
• dc.description.abstract RNA-binding proteins (RBPs) control the fate of a multitude of coding and non-coding transcripts. Formation of ribonucleoprotein (RNP) complexes fine-tunes regulation of post-transcriptional events and influences gene expression. Recently, it has been observed that non-canonical proteins with RNA-binding ability are enriched in structurally disordered and low-complexity regions that are generally involved in functional and dysfunctional associations. Therefore, it is possible that interactions with RNA protect unstructured protein domains from aberrant associations or aggregation. Nevertheless, the mechanisms that prevent protein aggregation and the role of RNA in such processes are not well understood. In this work, I will describe algorithms that I have developed to predict protein solubility and to estimate the ability of proteins and transcripts to interact. I will illustrate applications of computational methods and show how they can be integrated with high throughput approaches. The overarching goal of my work is to provide experimentalists with tools that facilitate the investigation of regulatory mechanisms controlling protein homeostasis.
• dc.description.abstract Las proteínas de unión de ARN son responsables de controlar el destino de una multitud de transcriptos codificantes y no codificantes. De hecho, la formación de complejos de ribonucleoproteínas (RNP) afina la regulación de una serie de eventos post-transcripcionales e influye en la expresión génica. Recientemente, se ha observado que las proteínas con capacidad no canónica de unión al ARN se enriquecen en las regiones estructuralmente desordenadas y de baja complejidad, que son las que participan generalmente en asociaciones funcionales y disfuncionales. Por lo tanto, es posible que interactuar con el ARN pudiera ser una manera de proteger las proteínas no estructuradas de asociaciones aberrantes o de agregación. Sin embargo, los mecanismos que impiden la agregación de proteínas y la función del ARN en tales procesos no están bien descritas. En este trabajo, se describen los me ́todos que he desarrollado para predecir la solubilidad de proteínas y para estimar la capacidad de transcriptos y proteínas de interactuar. De otra parte, voy a ilustrar sus aplicaciones y explicar como los métodos de bajo rendimiento han evolucionado a un mayor rendimiento. El objetivo final es proporcionar instrumentos a los investigadores experimentales que se pueden utilizar para facilitar la investigación de los mecanismos reguladores que controlan la homeostasis molecular.
• dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
• dc.format 139 p.
• dc.format application/pdf
• dc.format application/pdf
• dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/318159
• dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/25045
• dc.language.iso eng
• dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
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• dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
• dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
• dc.subject.keyword Intrinsically disordered region (IDR)
• dc.subject.keyword Long non-coding RNA (lncRNA)
• dc.subject.keyword Low-complexity sequence (LCS)
• dc.subject.keyword Protein aggregate
• dc.subject.keyword Ribonucleoprotein complex (RNP complex)
• dc.subject.keyword RNA granule
• dc.subject.keyword RNA recognition element (RRE)
• dc.subject.keyword RNA-binding protein (RBP)
• dc.subject.keyword Stress granules
• dc.subject.keyword Región intrínsecamente desordenada
• dc.subject.keyword ARN largo no codificante
• dc.subject.keyword Secuencia de baja complejidad
• dc.subject.keyword Agregado proteico
• dc.subject.keyword Complejo de ribonucleoproteína
• dc.subject.keyword Gránulo de ARN
• dc.subject.keyword Elemento de reconocimiento de ARN
• dc.subject.keyword Proteína de unión al ARN
• dc.subject.keyword Gránulos de estrés
• dc.subject.keyword 577
• dc.title Predictions of RNA-binding ability and aggregation propensity of proteins
• dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
• dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion