Development of high-performance algorithms for a new generation of versatile molecular descriptors. The Pentacle software

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• dc.contributor.author Durán Alcaide, Ángel
• dc.contributor.other Pastor Maeso, Manuel
• dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
• dc.date.accessioned 2024-03-16T02:34:48Z
• dc.date.available 2024-03-16T02:34:48Z
• dc.date.issued 2011-04-12T16:29:37Z
• dc.date.issued 2010-04-22
• dc.date.issued 2010-03-04
• dc.date.issued 2010-04-22
• dc.date.modified 2024-03-15T10:57:27Z
• dc.description.abstract The work of this thesis was focused on the development of high-performance algorithms for a new generation of molecular descriptors, with many advantages with respect to its predecessors, suitable for diverse applications in the field of drug design, as well as its implementation in commercial grade scientific software (Pentacle). As a first step, we developed a new algorithm (AMANDA) for discretizing molecular interaction fields which allows extracting from them the most interesting regions in an efficient way. This algorithm was incorporated into a new generation of alignmentindependent molecular descriptors, named GRIND-2. The computing speed and efficiency of the new algorithm allow the application of these descriptors in virtual screening. In addition, we developed a new alignment-independent encoding algorithm (CLACC) producing quantitative structure-activity relationship models which have better predictive ability and are easier to interpret than those obtained with other methods.
• dc.description.abstract El trabajo que se presenta en esta tesis se ha centrado en el desarrollo de algoritmos de altas prestaciones para la obtención de una nueva generación de descriptores moleculares, con numerosas ventajas con respecto a sus predecesores, adecuados para diversas aplicaciones en el área del diseño de fármacos, y en su implementación en un programa científico de calidad comercial (Pentacle). Inicialmente se desarrolló un nuevo algoritmo de discretización de campos de interacción molecular (AMANDA) que permite extraer eficientemente las regiones de máximo interés. Este algoritmo fue incorporado en una nueva generación de descriptores moleculares independientes del alineamiento, denominados GRIND-2. La rapidez y eficiencia del nuevo algoritmo permitieron aplicar estos descriptores en cribados virtuales. Por último, se puso a punto un nuevo algoritmo de codificación independiente de alineamiento (CLACC) que permite obtener modelos cuantitativos de relación estructura-actividad con mejor capacidad predictiva y mucho más fáciles de interpretar que los obtenidos con otros métodos.
• dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
• dc.format application/pdf
• dc.format application/pdf
• dc.identifier 9788469335482
• dc.identifier http://www.tdx.cat/TDX-0422110-094351
• dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/7201
• dc.identifier B.21341-2010
• dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/12143
• dc.language.iso eng
• dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
• dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
• dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
• dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
• dc.subject.keyword Diseño Factorial Fraccionado (FFD)
• dc.subject.keyword Partial Least Squares (PLS)
• dc.subject.keyword (PCA)
• dc.subject.keyword Análisis de componentes principales
• dc.subject.keyword Sonda
• dc.subject.keyword Consistente
• dc.subject.keyword Interacciones relevantes
• dc.subject.keyword Velocidad
• dc.subject.keyword Interpretación
• dc.subject.keyword AMANDA
• dc.subject.keyword Correlation (CLACC)
• dc.subject.keyword Cribado virtual Consistently Large Auto and Cross
• dc.subject.keyword Relación estructura actividad
• dc.subject.keyword GRIND-2
• dc.subject.keyword (GRIND)
• dc.subject.keyword GRID Independent Descritpors
• dc.subject.keyword Descriptores moleculares (MD) Independientes de al
• dc.subject.keyword Campos de interacción molecular (MIF)
• dc.subject.keyword Pentacle
• dc.subject.keyword Métodos computacionales
• dc.subject.keyword Qt
• dc.subject.keyword Lenguajes de programación
• dc.subject.keyword Interfaz de usuario
• dc.subject.keyword Software
• dc.subject.keyword Modelos software
• dc.subject.keyword Modelo espiral
• dc.subject.keyword Eficiencia
• dc.subject.keyword Altas prestaciones
• dc.subject.keyword Codificación
• dc.subject.keyword Discretización
• dc.subject.keyword Algoritmo
• dc.subject.keyword Based Virtual Screening (LBVS)
• dc.subject.keyword Ligand
• dc.subject.keyword Drug Discovery
• dc.subject.keyword (CADD)
• dc.subject.keyword Computer Assisted Drug Design
• dc.subject.keyword Prediction
• dc.subject.keyword (SDEP)
• dc.subject.keyword Standard Deviation of Error
• dc.subject.keyword (FFD)
• dc.subject.keyword Partial Least Squares (PLS)
• dc.subject.keyword Analysis (PCA)
• dc.subject.keyword Principal Component
• dc.subject.keyword Probe
• dc.subject.keyword Consistent
• dc.subject.keyword Relevant Interactions
• dc.subject.keyword Speed
• dc.subject.keyword Interpretation
• dc.subject.keyword AMANDA
• dc.subject.keyword Correlation (CLACC)
• dc.subject.keyword Screening (VS)
• dc.subject.keyword Consistently Large Auto and Cross
• dc.subject.keyword Virtual
• dc.subject.keyword Relationship (QSAR)
• dc.subject.keyword Quantitative Structure-Activity
• dc.subject.keyword GRID INdependent Descriptors (GRIND)
• dc.subject.keyword GRIND-2
• dc.subject.keyword GRID
• dc.subject.keyword Alignment independent
• dc.subject.keyword Molecular descriptors (MD)
• dc.subject.keyword Pentacle
• dc.subject.keyword Molecular Interaction Fields (MIF)
• dc.subject.keyword Computational Methods
• dc.subject.keyword Qt
• dc.subject.keyword Programming Languages
• dc.subject.keyword User Interface (UI)
• dc.subject.keyword User-friendly
• dc.subject.keyword Software
• dc.subject.keyword Software models
• dc.subject.keyword Spiral model
• dc.subject.keyword Efficiency
• dc.subject.keyword High-performance
• dc.subject.keyword Encoding
• dc.subject.keyword Discretizing
• dc.subject.keyword Algorithm
• dc.subject.keyword Desviación estándar del error de predicción (SDEP)
• dc.subject.keyword Diseño de fármacos asistido porordenador (CADD)
• dc.subject.keyword Descubrimiento de fármacos
• dc.subject.keyword Cribado virtual basado en ligando (LBVS)
• dc.subject.keyword 577
• dc.title Development of high-performance algorithms for a new generation of versatile molecular descriptors. The Pentacle software
• dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
• dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion