Prediction of protein and nucleic acid interactions

Mostra el registre complet Registre parcial de l'ítem

• dc.contributor.author Cirillo, Davide
• dc.contributor.other Tartaglia, Gian Gaetano
• dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
• dc.date.accessioned 2024-03-16T02:34:58Z
• dc.date.available 2024-03-16T02:34:58Z
• dc.date.issued 2017-05-30T12:42:09Z
• dc.date.issued 2017-05-30T12:42:09Z
• dc.date.issued 2016-05-09
• dc.date.modified 2024-03-15T10:57:20Z
• dc.description.abstract The purpose of my doctoral studies has been the development of bioinformatics methods to quantitatively evaluate associations between proteins and nucleic acids (NAs). This thesis aims at providing insights into molecular features and still relatively unknown mechanisms of protein-NAs associations, such as RNA-binding proteins and long noncoding RNAs as well as transcription factors and regulatory DNA elements. In this work, I present two algorithms, catRAPID omics express and PAnDA, for the prediction of RNA- and DNA-protein interaction respectively. Those computational methods offer the possibility to address experimental problems and guide new approaches largely facilitating experimental design and procedures
• dc.description.abstract Mis estudios de doctorado han tenido como propósito principal el desarrollo de herramientas bioinformáticas para la evaluación de interacciones entre proteínas y ácidos nucleicos (ANs) de forma cuantitativa. Por consiguiente, esta tesis apunta a proporcionar conocimientos sobre características moleculares y mecanismos de asociación proteína-AN aún relativamente desconocidos; concretamente, la asociación de proteínas a ARNs y ARNs no codificantes, a la vez que factores de transcripción y elementos de regulación del ADN. En este proyecto presento dos algoritmos: catRAPIDomics express y PAnDA, cuyas finalidades son las de predecir interacciones proteína-ARN y proteína-ADN respectivamente. Dichos métodos computacionales ofrecen la posibilidad de abordar problemas experimentales, así como de guiar el diseño y procedimiento de nuevas estrategias para su resolución.
• dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
• dc.format 171 p.
• dc.format application/pdf
• dc.format application/pdf
• dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/403537
• dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/32416
• dc.language.iso eng
• dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
• dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
• dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
• dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
• dc.subject.keyword DNA-binding proteins
• dc.subject.keyword RNA-binding proteins
• dc.subject.keyword Neurodegenerative diseases
• dc.subject.keyword Protein-protein interacion networks
• dc.subject.keyword Interacciones entre proteínas y ácidos nucleicos
• dc.subject.keyword Proteínas que se unen a ADN
• dc.subject.keyword Proteínas que se unen a ARN
• dc.subject.keyword Enfermedades neurodegenerativas
• dc.subject.keyword Red de interacción proteína-proteína
• dc.subject.keyword Protein-nucleic acid interactions
• dc.subject.keyword 577
• dc.title Prediction of protein and nucleic acid interactions
• dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
• dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion