GPCRmd - A web platform for collection, visualization and analysis of molecular dynamics data for G protein-coupled receptors : Bridging the gap between dynamics and receptor functionality

Mostra el registre complet Registre parcial de l'ítem

• dc.contributor.author Rodríguez Espigares, Ismael
• dc.contributor.other Sanz, Ferran
• dc.contributor.other Selent, Jana
• dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
• dc.date.accessioned 2024-03-16T02:34:37Z
• dc.date.available 2024-03-16T02:34:37Z
• dc.date.issued 2019-01-09T17:48:52Z
• dc.date.issued 2020-04-04T00:00:12Z
• dc.date.issued 2018-04-04
• dc.date.modified 2024-03-15T10:57:24Z
• dc.description.abstract In this thesis, we present GPCRmd, an online repository with a submission system and visualization platform specifically designed for storing and providing easy access to molecular dynamics (MD) data of G protein-coupled receptor (GPCR). This database stores MD trajectories and necessary metadata (e.g. force-field, simulation software, integration time-step) for posterior analysis, ensuring data reproducibility and integrity. Importantly, we demonstrate the usefulness of implemented analysis tools in two case studies related to GPCR signaling bias and membrane-induced GPCR modulation. These tools enabled us to detect important structural rearrangement in the initial phase of β-arrestin signaling in the δ-opioid receptor. In addition, we captured relevant molecular mechanisms which are responsible for cholesterol-induced modulation of the 5-HT2A receptor.
• dc.description.abstract Aquí presentem el GPCRmd, un repositori en línia amb un sistema de dipòsit i una plataforma de visualització dissenyats específicament per oferir l’emmagatzematge i un fàcil accés a dades dinàmica molecular (MD) de receptors acoblats a proteïnes G (GPCRs). Aquesta base de dades emmagatzema trajectòries de MD i les metadades (per exemple, el programari de simulació, el camp de força o el temps d'integració) necessàries per a una anàlisi posterior, garantint la reproductibilitat i la integritat de les dades. És important destacar la utilitat de les eines d'anàlisi implementades en dos estudis de cas relacionats amb el biaix de senyalització de GPCRs i la modulació de GPCRs induïda per membrana. Aquestes eines ens han permès detectar una important reordenació estructural en la fase inicial de senyalització per β-arrestina en el receptor δ-opioide. A més, hem capturat el mecanismes moleculars rellevants responsables de la modulació induïda per colesterol del receptor 5-HT2A.
• dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
• dc.format 151 p.
• dc.format application/pdf
• dc.format application/pdf
• dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/664667
• dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/36247
• dc.language.iso eng
• dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
• dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
• dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
• dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
• dc.subject.keyword Molecular dynamics
• dc.subject.keyword G protein-coupled receptors
• dc.subject.keyword Repository
• dc.subject.keyword Membrane-induced effects
• dc.subject.keyword Biased signaling
• dc.subject.keyword Dinàmica molecular
• dc.subject.keyword Receptors acoblats a proteïnes G
• dc.subject.keyword Repositori
• dc.subject.keyword Efectes induïts per membrana
• dc.subject.keyword Biaix de senyalització
• dc.subject.keyword 577
• dc.title GPCRmd - A web platform for collection, visualization and analysis of molecular dynamics data for G protein-coupled receptors : Bridging the gap between dynamics and receptor functionality
• dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
• dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion