Integrative study of the regulatory and epigenomic programs involved in cancer development

Mostra el registre complet Registre parcial de l'ítem

• dc.contributor.author Jené i Sanz, Alba
• dc.contributor.other López Bigas, Núria
• dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
• dc.date.accessioned 2024-03-16T02:35:03Z
• dc.date.available 2024-03-16T02:35:03Z
• dc.date.issued 2013-05-28T15:21:22Z
• dc.date.issued 2013-05-28T15:21:22Z
• dc.date.issued 2013-04-29
• dc.date.modified 2024-03-15T10:57:27Z
• dc.description.abstract El càncer ha estat tradicionalment considerat una malaltia fonamentalment genètica, però recentment s'està fent palès que la desregulació de mecanismes epigenètics contribueix en gran manera al desenvolupament tumoral. Al bell mig de la intersecció entre la genètica i l'epigenètica s'hi troben els factors reguladors de la cromatina (CRFs, en anglès), que són un focus important de recerca a causa de la seva potencial utilitat en teràpies contra el càncer. En aquesta tesi, determino l'estat transcriptòmic de cèl·lules normals i tumorals basant-me en informació epigenètica i regulatòria, i descric l'existència d'una sincronització global de l'expresió gènica en què la regulació controlada per Polycomb es manifesta com a un dels dos components principals. Presento una anàlisi sobre com la baixa expressió dels gens regulats per Polycomb contribueix a l'avenç del càncer de mama i a la transició entre epitel·li i mesènquima. A més, identifico aquesta baixa expressió com a factor valuós de pronòstic independent. Aprofitant les dades genòmiques de càncer que han estat posades a la disposició del públic recentment, també avaluo l'estat mutacional dels CRFs en molts tumors humans provinents de diferents teixits i línies cel·lulars de càncer. Els resultats indiquen que 39 CRFs són potencialment conductors del procès cancerígen en almenys un teixit, malgrat que molts d'ells es torben mutats en freqüències relativament baixes. Finalment, presento un recurs per a visualitzar i analitzar alteracions genòmiques entre línies cel·lulars de càncer en el context de la resistència a fàrmacs i de la informació sobre alteracions de
• dc.description.abstract Cancer has traditionally been regarded as a genetic disease, but recently it is becoming apparent that the deregulation of epigenetic mechanisms greatly contributes to tumour development. At the crossing of genetics and epigenetics lie chromatin regulatory factors (CRFs), which are the focus of intense research due to their potential usefulness in anticancer therapy. In this thesis, I determine the transcriptomic state of normal and tumour cells based on epigenetic and regulatory information, and describe the existence of a global synchronisation of gene expression in which Polycomb regulation arises as one of the two main components. I present an analysis on how the under-expression of Polycomb regulated genes contributes to breast cancer progression and epithelial to mesenchymal transition. Furthermore, I identify this under-expression as a valuable independent prognostic factor. Taking advantage on the wealth of cancer genomics data made available recently, I also evaluate the mutational status of CRFs across many human tumours from different tissues and cancer cell lines, and find that 39 CRFs are potential cancer drivers in at least one tissue, even though most of them are mutated at relatively low frequencies. Finally, I present a resource to visualise and analyse genomic alterations across cancer cell lines in the context of drug sensitivity/resistance and the information on somatic tumour alterations.
• dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
• dc.format 317 p.
• dc.format application/pdf
• dc.format application/pdf
• dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/113380
• dc.identifier B. 14880-2013
• dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/20642
• dc.language.iso eng
• dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
• dc.rights L'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/es/
• dc.rights http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/es/
• dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
• dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
• dc.subject.keyword Dinàmica de la cromatina
• dc.subject.keyword Factors reguladors de la cromatina
• dc.subject.keyword Modificació d'histones
• dc.subject.keyword Proteïnes Polycomb
• dc.subject.keyword Càncer de mama
• dc.subject.keyword Estratificació de tumors
• dc.subject.keyword Anàlisi d'enriquiment de l'expresió gènica
• dc.subject.keyword Gens conductors del procès cancerígen
• dc.subject.keyword Genòmica del càncer
• dc.subject.keyword Regulació gènica
• dc.subject.keyword Epigenètica
• dc.subject.keyword Bioinformàtica
• dc.subject.keyword Chromatin dynamics
• dc.subject.keyword Chromatin Regulatory Factors
• dc.subject.keyword Histone modification
• dc.subject.keyword Polycomb proteins
• dc.subject.keyword Breast cancer
• dc.subject.keyword Tumour stratification
• dc.subject.keyword Enrichment analysis of gene expression
• dc.subject.keyword Cancer driver genes
• dc.subject.keyword Cancer genomics
• dc.subject.keyword Gene regulation
• dc.subject.keyword Epigenetics
• dc.subject.keyword Bioinformatics
• dc.subject.keyword 616
• dc.title Integrative study of the regulatory and epigenomic programs involved in cancer development
• dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
• dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion