Insights into mammalian adaptive evolution through genomics data

Mostra el registre complet Registre parcial de l'ítem

• dc.contributor.author Villanueva Cañas, José Luis
• dc.contributor.other Albà Soler, Mar
• dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
• dc.date.accessioned 2024-03-16T02:35:03Z
• dc.date.available 2024-03-16T02:35:03Z
• dc.date.issued 2016-11-21T14:02:42Z
• dc.date.issued 2016-11-21T14:02:42Z
• dc.date.issued 2015-11-20
• dc.date.modified 2024-03-15T10:57:33Z
• dc.description.abstract Although the genome sequencing revolution is still in its infancy, we must acknowledge it as the major driver of biology since the beginning of the 21st century. The availability of a large collection of complete mammalian genomes due to high-throughput sequencing technologies allows us to begin the exploration of how the evolutionary diversification of gene content reflects the ecological adaptations of different taxa. Novelty arises in evolution through the transformation or combination of existing systems and, as shown recently, also from scratch. This thesis is centered around these different mechanisms of evolutionary innovation. It includes a common methodological part in which we propose a simple method to optimize multiple alignments and examine its effect in positive selection analyses, the exploration of the origin and evolution of mammalian-specific genes, and the study of gene regulation in mammalian adaptations (e.g. hibernation) using high-throughput technologies.
• dc.description.abstract Tot i que la denominada era de la genòmica es troba encara a la seva infància, ha estat un dels principals impulsors de la biologia des del començament del segle 21. L’accés a una creixent col•lecció de genomes complets de mamífers, gràcies a les tècniques de seqüenciació massiva, ens permet explorar com la diversificació evolutiva dels gens es tradueix en les diferents adaptacions ecològiques dels diferents tàxons. La innovació apareix a l’evolució a través de la transformació o la combinació de sistemes preexistents, fins i tot, nous gens poden aparèixer a partir de regions prèviament no codificants, com s’ha demostrat recentment. Aquesta tesi s’articula al voltant d’aquests mecanismes d’innovació evolutiva. Inclou una part metodològica comuna on es proposa un mètode simple per optimitzar alineaments múltiples i avaluar-ne l’efecte en anàlisis de selecció positiva, l’exploració de l’origen i evolució de gens específics de mamífers i l’estudi de la regulació gènica en una adaptació pròpia dels mamífers (hibernació) mitjançant tècniques de seqüenciació massiva.
• dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
• dc.format 216 p.
• dc.format application/pdf
• dc.format application/pdf
• dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/397756
• dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/27598
• dc.language.iso eng
• dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
• dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
• dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
• dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
• dc.subject.keyword Genòmica evolutiva
• dc.subject.keyword Mamífers
• dc.subject.keyword Hivernació
• dc.subject.keyword Aliniament múltiple de seqüències
• dc.subject.keyword Gens de novo
• dc.subject.keyword Evolutionary genomics
• dc.subject.keyword Mammals
• dc.subject.keyword Hibernation
• dc.subject.keyword Multiple sequence alignment
• dc.subject.keyword De novo genes
• dc.subject.keyword 575
• dc.title Insights into mammalian adaptive evolution through genomics data
• dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
• dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion