Epigenetic regulation of clonally variant gene expression in Plasmodium falciparum

Full item page Simple item page

• dc.contributor.author Crowley, Valerie Margarita
• dc.contributor.other Cortés Closas, Alfred
• dc.contributor.other Ribas de Pouplana, Lluís
• dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
• dc.date.accessioned 2024-03-16T02:34:25Z
• dc.date.available 2024-03-16T02:34:25Z
• dc.date.issued 2012-05-09T11:39:46Z
• dc.date.issued 2012-05-09T11:39:46Z
• dc.date.issued 2011-11-02
• dc.date.modified 2024-03-15T10:57:28Z
• dc.description.abstract Clonally variant gene expression (CVGE) is a common survival strategy used by many pathogens, including the malaria parasite Plasmodium falciparum. Among the genes that show CVGE are several members of the clag and eba families. The active or repressed state of clag3.1, clag3.2 and eba‐140 is transmitted epigenetically and is controlled by the euchromatic or heterochromatic state of bistable chromatin domains, characterised by H3K9ac and H3K9me respectively. Both of these modifications are maintained throughout the asexual cycle to transmit epigenetic memory. We have characterised CVGE on a genome‐wide level and found that it is widespread. Using clag3.2 in proof‐of‐principle experiments, we demonstrate that CVGE for genes other than var can be reproduced in an episomal system and provide preliminary evidence that CVGE is regulated by the spontaneous formation of facultative heterochromatin. The mutually exclusive expression of clag3.1 and clag3.2 is also addressed, including the characterisation of a neighbouring noncoding RNA.
• dc.description.abstract La variació clonal en l'expressió gènica (CVGE) és una estratègia de supervivència comú utilitzada per molts patògens, incloent el paràsit de la malària Plasmodium falciparum. Entre els gens que mostren CVGE hi ha diversos membres de les famílies clag i eba. L'estat actiu o inactiu de clag3.1, clag3.2 i eba‐140 es transmet epigenèticament i és controlat per l'estat eucromatínic o heterocromatínic de dominis de cromatina biestables, caracteritzats respectivament per H3K9ac i H3K9me. Ambdues modificacions es mantenen durant tot el cicle asexual per transmetre la informació epigenètica. També hem caracteritzat la CVGE a nivell de tot el genoma, i hem vist que afecta un gran nombre de gens. Experiments preliminars amb clag3.2 ens demostren que la CVGE de gens diferents que var es pot reproduir en un sistema episomal I proporcionen evidència preliminar de què la CVGE està regulada per la formació espontània d’heterocromatina facultativa. També s’ha estudiat l'expressió mútuament exclusiva de clag3.1 i clag3.2, incloent la caracterització d’un ARN no‐codificant veí.
• dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
• dc.format 301 p.
• dc.format application/pdf
• dc.format application/pdf
• dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/80779
• dc.identifier B. 17239-2012
• dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/16440
• dc.language.iso eng
• dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
• dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
• dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
• dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
• dc.subject.keyword malaria
• dc.subject.keyword Plasmodium falciparum
• dc.subject.keyword epigenetics
• dc.subject.keyword clonally variant gene expression
• dc.subject.keyword heterochromatin
• dc.subject.keyword clag
• dc.subject.keyword eba
• dc.subject.keyword mutually exclusive expression
• dc.subject.keyword malària
• dc.subject.keyword epigenètica
• dc.subject.keyword variació clonal en l’expressió gènica
• dc.subject.keyword heterocromatina
• dc.subject.keyword expression mútuament exclusiva
• dc.subject.keyword 575
• dc.title Epigenetic regulation of clonally variant gene expression in Plasmodium falciparum
• dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
• dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion