Integer linear programming models for multiple sequence alignment

Mostra el registre complet Registre parcial de l'ítem

• dc.contributor.author Andreu Godall, Ignasi
• dc.date.accessioned 2020-03-18T10:53:11Z
• dc.date.available 2020-03-18T10:53:11Z
• dc.date.issued 2019
• dc.description Treball de fi de grau en Bioinformàtica. Curs 2018-2019ca
• dc.description Tutor: Gabriel Valienteca
• dc.description.abstract Trobar una solució òptima per a una instància de problema d’alineació de seqüències múltiples per a més de dues seqüències és un problema d’optimització dur que és computacionalment car, fins i tot per a algunes seqüències de longitud moderada. En conseqüència, la investigació sobre l'alineació de seqüències múltiples s'ha centrat principalment en mètodes heurístics. No obstant això, els avenços recents en solucionadors de programació lineal enters han permès trobar solucions exactes i òptimes a instàncies de problemes d'alineació de seqüències múltiples per a diverses seqüències de longitud moderada.ca
• dc.description.abstract Encontrar una solución óptima para una instancia de problema de alineación de secuencias múltiples para más de dos secuencias es un problema de optimización difícil que es prohibitivamente costoso desde el punto de vista computacional, incluso para algunas secuencias de longitud moderada. En consecuencia, la investigación sobre la alineación de secuencias múltiples se ha centrado principalmente en los métodos heurísticos. Sin embargo, los avances recientes en solucionadores para la programación lineal de enteros han hecho posible encontrar soluciones exactas y óptimas para los casos de problemas de alineación de secuencias múltiples para varias secuencias de longitud moderada.
• dc.description.abstract Finding an optimal solution to a multiple sequence alignment problem instance for more than two sequences is a hard optimization problem that is prohibitively computationally expensive, even for a few sequences of moderate length. Consequently, research on multiple sequence alignment has mainly focused on heuristic methods. However, recent advances in solvers for integer linear programming have made it possible to find exact, optimal solutions to multiple sequence alignment problem instances for several sequences of moderate length.en
• dc.format.mimetype application/pdf*
• dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/43933
• dc.language.iso engca
• dc.rights This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 licenseca
• dc.rights.accessRights info:eu-repo/semantics/openAccessca
• dc.rights.uri http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ca
• dc.subject.other Treball de fi de grau – Curs 2018-2019ca
• dc.subject.other Programació lineal enteraca
• dc.subject.other Alineament de seqüència (Bioinformàtica)ca
• dc.subject.other Models matemàticsca
• dc.title Integer linear programming models for multiple sequence alignmentca
• dc.type info:eu-repo/semantics/bachelorThesisca