Sequence-based deep learning techniques for protein-protein interaction prediction
Full item page Simple item page
- dc.contributor.author Valverde Sanchez, Clàudia
- dc.date.accessioned 2024-04-26T09:51:11Z
- dc.date.available 2024-04-26T09:51:11Z
- dc.date.issued 2023-06-21
- dc.description Treball de fi de grau en Bioinformàtica. Curs 2022-2023ca
- dc.description Tutor: Alexis Molinaca
- dc.description.abstract Les interaccions Proteïna-Proteïna (PPIs) són fonamentals per comprendre malalties i descobrir medicaments. La identificació experimental de les PPIs és limitada, per la qual cosa s’utilitzen mètodes computacionals. Aquest projecte explora tècniques tradicionals de Processament del Llenguatge Natural (NLP) i proposa un enfoc innovador que combina embeddings contextuals amb un model unicament decodificador per predir les PPIs. El model de referència aconsegueix una precisió del 54% utilitzant una arquitectura profunda de CNN-BiLSTM amb atenció. Mitjançant l’ús d’embeddings de complexos de PPIs en un model proteic preentrenat i predint amb un model unicament decodificador, s’assoleix una precisió superior al 65% en sets de prova. Remarcablement, aquest enfoc demostra un bon rendiment en els diferents dominis applicats.ca
- dc.format.mimetype application/pdf*
- dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/59923
- dc.language.iso engca
- dc.rights This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 licenseca
- dc.rights.accessRights info:eu-repo/semantics/openAccessca
- dc.rights.uri http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ca
- dc.subject.keyword Embeddings contextualsca
- dc.subject.keyword Aprenentatge profundca
- dc.subject.keyword Interaccions proteïna-proteïnaca
- dc.subject.keyword Models de llenguatge proteicsca
- dc.subject.keyword Embeddings contextuales
- dc.subject.keyword Aprendizaje profundo
- dc.subject.keyword Interacciones proteína-proteína
- dc.subject.keyword Modelos de lenguaje proteicos
- dc.subject.keyword Contextual embeddingen
- dc.subject.keyword Deep Learning (DL)en
- dc.subject.keyword Protein-Protein Interaction (PPI)en
- dc.subject.keyword Protein Language Model (PLM)en
- dc.subject.keyword Transformersen
- dc.subject.other Treball de fi de grau – Curs 2022-2023ca
- dc.title Sequence-based deep learning techniques for protein-protein interaction predictionca
- dc.type info:eu-repo/semantics/bachelorThesisca