Determinants of the local mutation rate variability along the genome

Mostra el registre complet Registre parcial de l'ítem

• dc.contributor.author Frigola Rissech, Joan
• dc.contributor.other López Bigas, Núria
• dc.contributor.other González Pérez, Abel
• dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
• dc.date.accessioned 2024-10-19T01:35:57Z
• dc.date.available 2024-10-19T01:35:57Z
• dc.date.issued 2020-09-15T12:56:35Z
• dc.date.issued 2021-03-13T00:00:25Z
• dc.date.issued 2020-03-13
• dc.date.modified 2024-10-03T03:43:53Z
• dc.description.abstract The rate at which mutations accumulate along the genome is not uniform but influenced by factors such as chromatin compactness, replication time or transcription. Most of these factors create mutational biases that encompass large areas of the genomes, including several megabases. In recent years, though, local mutational asymmetries spanning just a few base pairs have also been identified. This thesis focuses on the study of two of these local mutational asymmetries. First, we describe a reduction in the number of exonic somatic mutations caused by DNA polymerase mismatches, which we attribute to a higher efficacy of the mismatch repair mechanism in these locations. Second we study the UV induced DNA damage formation and repair at transcription factor binding sites and assess the relative contribution of these two factors to the unexpected number of mutations of these areas across transcription factors families. The presence of these local mutation rate variations illustrates the difficulty of properly modeling the mutation rate, an important procedure in many cancer genomics and evolutionary studies.
• dc.description.abstract La velocitat a la que les mutacions s’acumulen al llarg del genoma no és uniforme sinó que depèn de diversos factors. Alguns dels més coneguts són l’empaquetament de la cromatina, el moment de replicació o la transcripció. La majoria d’aquests factors creen variacions mutacionals que abarquen grans àrees del genoma, incloent varies megabases. En els últims anys, però, també s’ha identificat variabilitat en el ritme en que s’acumulen les mutacions a escala molt més petita, en regions de poques bases. Aquesta tesi es centra en l’estudi de dos d’aquestes variacions locals en el ritme en que les mutacions tenen lloc. Primer, hem descrit una reducció en el número de mutacions somàtiques en els exons causades per errors de la AND polimerasa, que hem atribuït a una major eficàcia del mecanisme encarregat aquest tipus d’errors en els exons. En segon lloc, hem estudiat com les lesions en el DNA causades per la llum ultraviolada es generen i són reparades als llocs d’unió dels factors de transcripció i hem determinat fins a quin punt cada un d’aquests processos permeten explicar l’inesperat número de mutacions en aquestes regions. La presència d’aquestes variacions locals la velocitat a la que les mutacions s’acumulen al llarg del genoma posen de manifest la dificultat de modelar correctament aquest procés, un procediment central en molts estudis evolutius i de genòmica del càncer.
• dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
• dc.format 177 p.
• dc.format application/pdf
• dc.format application/pdf
• dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/669530
• dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/45299
• dc.language.iso eng
• dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
• dc.rights ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
• dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
• dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
• dc.subject.keyword Cancer
• dc.subject.keyword Genomics
• dc.subject.keyword Mutational processes
• dc.subject.keyword Somatic mutations
• dc.subject.keyword DNA damage and replay
• dc.subject.keyword DNA damage and repair
• dc.subject.keyword Cáncer
• dc.subject.keyword Genòmica
• dc.subject.keyword Mutacions somàtiques
• dc.subject.keyword Danys i reparació de l'ADN
• dc.subject.keyword Processos mutacionals
• dc.subject.keyword 575
• dc.title Determinants of the local mutation rate variability along the genome
• dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
• dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion