Alchemical-PELE: alchemical simulations tool for the calculation of relative binding energies between ligands
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- dc.contributor.author Borge, Miguel
- dc.date.accessioned 2024-04-24T11:37:40Z
- dc.date.available 2024-04-24T11:37:40Z
- dc.date.issued 2023-06-21
- dc.description Treball de fi de grau en Bioinformàtica. Curs 2022-2023ca
- dc.description Tutor: Martí Municoyca
- dc.description.abstract Alchemical-PELE, un programari per al descobriment de fàrmacs, utilitza simulacions de Monte Carlo per superar els reptes dels càlculs precísos d'energia lliure d'unió en complexos proteïnes-lligands. Explora eficaçment l'espai conformacional i calcula energies lliures d'unió relatives entre lligands, ajudant a la identificació de possibles candidats a fàrmacs. El mètode es va provar en dos sistemes de proteïnes, MCL1 i Tyk2. Tot i que va mostrar una correlació prometedora amb les dades experimentals a MCL1, el sistema Tyk2 va destacar errors que afecten la classificació de lligands, cosa que indica la necessitat de millores futures del mètode.ca
- dc.description.abstract Alchemical-PELE, un software para el descubrimiento de fármacos, utiliza simulaciones de Monte Carlo para superar los desafíos de los cálculos precisos de energía libre de unión en complejos proteína-ligando. Explora eficientemente el espacio conformacional y calcula energías libres de unión relativas entre ligandos, ayudando en la identificación de posibles candidatos a fármacos. El método fue probado en dos sistemas de proteínas, MCL1 y Tyk2. Aunque mostró una correlación prometedora con los datos experimentales en MCL1, el sistema Tyk2 reveló errores que afectan la clasificación de los ligandos, lo que indica la necesidad de mejoras futuras del método.
- dc.description.abstract Alchemical-PELE, a software for drug discovery, uses Monte Carlo simulations to overcome challenges in precise binding free energy calculations in protein-ligand complexes. It effectively explores conformational space and calculates relative binding free energies between ligands, aiding the identification of potential drug candidates. The method was tested on two protein systems, MCL1 and Tyk2. While it showed promising correlation with experimental data in MCL1, the Tyk2 system highlighted errors impacting ligand ranking, indicating the need for future method enhancements.en
- dc.format.mimetype application/pdf*
- dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/59894
- dc.language.iso engca
- dc.rights This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 licenseca
- dc.rights.accessRights info:eu-repo/semantics/openAccessca
- dc.rights.uri http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ca
- dc.subject.keyword Transformacions alquímiquesca
- dc.subject.keyword Simulacions de Montecarloca
- dc.subject.keyword Descobriment de medicamentca
- dc.subject.keyword Química computacionalca
- dc.subject.keyword Càlculs d'energia lliureca
- dc.subject.keyword Complexos proteïna-lligantca
- dc.subject.keyword Energies lliures d'enllaç relativesca
- dc.subject.keyword Transformaciones alquímicas
- dc.subject.keyword Simulaciones de Montecarlo
- dc.subject.keyword Descubrimiento de medicamento
- dc.subject.keyword Química computacional
- dc.subject.keyword Cálculos de energía libre
- dc.subject.keyword Complejos proteína-ligando
- dc.subject.keyword Energías libres de enlace relativas
- dc.subject.keyword Alchemical transformationsen
- dc.subject.keyword Monte Carlo simulationsen
- dc.subject.keyword Drug discoveryen
- dc.subject.keyword Computational chemistryen
- dc.subject.keyword Free energy calculationsen
- dc.subject.keyword Protein-ligand complexesen
- dc.subject.keyword Relative binding free energiesen
- dc.subject.other Treball de fi de grau – Curs 2022-2023ca
- dc.title Alchemical-PELE: alchemical simulations tool for the calculation of relative binding energies between ligandsca
- dc.type info:eu-repo/semantics/bachelorThesisca