A study on autocatalysis through synthetic biology. Exploration of spatiotemporal dynamics in the presence or absence of synthetic autocatalytic Hepatocyte Growth Factor signaling in mammalian cells
Mostra el registre complet Registre parcial de l'ítem
- dc.contributor.author Bárcena Menéndez, Diego
- dc.contributor.other Isalan, Mark
- dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
- dc.date.accessioned 2024-03-16T02:33:44Z
- dc.date.available 2024-03-16T02:33:44Z
- dc.date.issued 2018-05-03T16:21:43Z
- dc.date.issued 2018-05-03T16:21:43Z
- dc.date.issued 2016-10-17
- dc.date.modified 2024-03-15T10:57:34Z
- dc.description.abstract Una de las preguntas sin resolver en la biologia celular, es como las células mamíferas logran generar patrones estables como organos o seres vivos, en un entorno variable. El concepto matemático del bucle de retreoalimentación, es una herramienta que puede generar orden. En esta tesis, presento dos proyectos que forman parte de una idea iterativa para recrear patrones biológicos sintéticamente en células mamíferas. En la primera parte, presento la creación de una linea celular que funge como detector de niveles de la hormona HGF a través de una reportero transcripcional. En la segunda parte, demuestro la reprogramación de esta células con fin de producir HGF en respuesta a HGF, en efecto creando un bucle de retroalimentación positivo. En ambos proyectos, utilizo microscopia cuantitativa espaciotemporal para analyzar y medir la evolución dinámica de las células en respuesta a un estímulo de HGF.
- dc.description.abstract One unanswered riddle in biology is how can mammalian cells organize to generate ordered patterns such as organs and living beings, in an ever changing environment. An underlying mathematical principle for the generation of order is given by feedback motifs. Here, I present two projects which are part of an effort to recreate stable ordered patterns in a cellular system through information encoded in DNA. In the first part, I present a receiver mammalian cell line which can accurately sense the diffusible Hepatocyte Growth Factor (HGF) through a transcriptional reporter. In the second part I reprogrammed this cell line so that it produces more HGF in response to HGF, in effect creating an autocatalytic positive feedback. In both cases, I have used spatiotemporal quantitative microscopy analysis to monitor the dynamic evolution of the cell lines in response to a HGF stimulus.
- dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
- dc.format 146 p.
- dc.format application/pdf
- dc.format application/pdf
- dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/523520
- dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/34566
- dc.language.iso eng
- dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
- dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
- dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
- dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
- dc.subject.keyword Mammalian cell synthetic biology
- dc.subject.keyword Autocatalysis
- dc.subject.keyword Hepatocyte growth factor
- dc.subject.keyword Organoids
- dc.subject.keyword Dynamical analysis
- dc.subject.keyword 576
- dc.title A study on autocatalysis through synthetic biology. Exploration of spatiotemporal dynamics in the presence or absence of synthetic autocatalytic Hepatocyte Growth Factor signaling in mammalian cells
- dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
- dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion