The Role of positive selection on zinc transporter genes : From genomic signals to adaptive phenotypes

Mostra el registre complet Registre parcial de l'ítem

• dc.contributor.author Roca-Umbert Würth, Ana
• dc.contributor.other Bosch Fusté, Elena
• dc.contributor.other Vicente García, Rubén
• dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
• dc.date.accessioned 2024-03-16T02:33:43Z
• dc.date.available 2024-03-16T02:33:43Z
• dc.date.issued 2022-01-10T17:15:11Z
• dc.date.issued 2023-12-22T23:45:22Z
• dc.date.issued 2021-12-22
• dc.date.modified 2024-03-15T10:57:28Z
• dc.description.abstract Zinc is an essential micronutrient involved in many different biological processes. Zinc homeostasis is mainly regulated by 24 zinc transporters coded by the Zinc Transporter Genes (ZTGs). Notably, zinc body content is highly dependent on environmental zinc availability, and its deficiency is life-threatening for several human populations. Since differences in zinc homeostasis may be adaptive to local dietary and environmental conditions, we explored the complete set of 24 human ZTGs for signatures of positive selection using genomes from worldwide populations in the 1000 Genomes Project and South Asian populations in the 100K GenomeAsia Project. We have identified unusual patterns of variation resulting from strong selective sweeps on a few ZTGs but also from polygenic selection on the whole set of ZTGs, especially in South Asia. To understand the evolutionary history of the strong signal of positive selection we confirmed in SLC30A9 and fill the gap between genotype and phenotype, we also explored the functional implications of a putative candidate variant behind this case of adaptation.
• dc.description.abstract El zinc és un micronutrient essencial implicat en múltiples processos biològics. L’homeòstasi del zinc està principalment regulada per 24 transportadors de zinc codificats pels Zinc Transporter Genes (ZTGs). El contingut de zinc a l’organisme depèn de la disponibilitat de zinc ambiental, i el seu dèficit és una causa de malaltia greu en diverses poblacions humanes. Atès que les diferències en l’homeòstasi del zinc podrien ser el resultat de l’adaptació a condicions locals, hem explorat el conjunt dels 24 ZTG humans buscant senyals de selecció positiva en genomes de poblacions d’arreu del món del Projecte 1000 Genomes i poblacions del sud d’Àsia del Projecte GenomeAsia 100K. Hem identificat patrons de variació inusuals que resulten de forts escombrats selectius en alguns ZTG, però també de la selecció poligènica en tot el conjunt de ZTG, especialment al sud d'Àsia. Per entendre la història evolutiva del fort senyal de selecció positiva que hem confirmat al gen SLC30A9 i omplir el buit entre el seu genotip i fenotip, hem explorat les implicacions funcionals d'una variant candidata per aquest cas d’adaptació.
• dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
• dc.format 300 p.
• dc.format application/pdf
• dc.format application/pdf
• dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/673054
• dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/52187
• dc.language.iso eng
• dc.rights ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
• dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
• dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
• dc.subject.keyword Zinc
• dc.subject.keyword Zinc Transporter Genes
• dc.subject.keyword Znt9
• dc.subject.keyword Natural selection
• dc.subject.keyword Genetic adaptation
• dc.subject.keyword Population genetics
• dc.subject.keyword South Asia
• dc.subject.keyword Selecció natural
• dc.subject.keyword Adaptació genètica
• dc.subject.keyword Genètica de poblacions
• dc.subject.keyword 575
• dc.title The Role of positive selection on zinc transporter genes : From genomic signals to adaptive phenotypes
• dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
• dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion