VisualMethyl: a shiny web application for interactive DNA methylation analysis and visualization

Enllaç permanent

Descripció

  • Resum

    El procés d’anàlisi de la metilació de l'ADN requereix l'ús d'eines que impliquen habilitats de programació; per això, és necessari crear aplicacions que produeixin resultats d'una manera senzilla i interactiva que permeti a l'usuari visualitzar i comprendre les dades amb claredat. VisualMethyl és una aplicació web que proporciona l'anàlisi i visualitzacions interactives d'arrays de metilació d'ADN (450k i EPIC). Aquesta eina realitza control de qualitat, anàlisi exploratòria, metilació diferencial, enriquiment funcional, i anàlisi de supervivència. Els resultats es presenten de forma interactiva a través de gràfics i taules dinámics que es poden descarregar.
    El proceso de análisis de la metilación del ADN requiere el uso de herramientas que implican habilidades de programación; por ello, es necesario crear aplicaciones que produzcan resultados de una manera sencilla e interactiva que permita al usuario visualizar y comprender los datos con claridad. VisualMethyl es una aplicación web que proporciona el análisis y visualizaciones interactivas de arrays de metilación de ADN (450k y EPIC). Esta herramienta realiza control de calidad, análisis exploratorio, metilación diferencial, enriquecimiento funcional y análisis de supervivencia. Los resultados se presentan de manera interactiva a través de gráficos y tablas dinámicos que se pueden descargar.
    The DNA methylation data analysis process requires the use of tools and pipelines that implicate programming skills; for this reason, it is necessary to create applications that provide results in a simple, interactive way that allows the user to visualize and understand the data clearly. VisualMethyl is a shiny web application that provides the analysis and interactive visualizations of DNA methylation arrays (450k and EPIC). This tool performs quality control, exploratory analysis, differential methylation, functional enrichment, and survival analysis. The results obtained are presented in an interactive way through the use of dynamic graphs and tables which can be downloaded.
  • Descripció

    Treball de fi de grau en Bioinformàtica. Curs 2020-2021
    Tutor: Manuel Castro de Moura
  • Mostra el registre complet