Computational tool for visualization, analysis and comparison of epigenomes
Mostra el registre complet Registre parcial de l'ítem
- dc.contributor.author Reina García, Óscar
- dc.contributor.other Stephan-Otto Attolini, Camille
- dc.contributor.other Azorín, F
- dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
- dc.date.accessioned 2024-10-19T01:35:52Z
- dc.date.available 2024-10-19T01:35:52Z
- dc.date.issued 2018-06-19T16:26:42Z
- dc.date.issued 2018-06-19T16:26:42Z
- dc.date.issued 2018-04-10
- dc.date.modified 2024-10-03T03:45:28Z
- dc.description.abstract We developed a computational framework implemented as an R package for generation, visualization and functional and differential analysis of epigenome maps. Methods are provided for integrating and comparing data from different conditions or biological backgrounds, accounting and adjusting for systematic biases in order to provide an efficient and statistically robust base for differential analysis. We also provide methods for general data assessment and quality control, such as functions to study chromatin domain conservation between epigenomic backgrounds, to detect gross technical outliers and to help in the selection of candidate marks for de-novo epigenome mapping.
- dc.description.abstract Hem desenvolupat una metodologia computational implementada en forma de paquet pel llenguatge R per la generació i visualització de mapes epigenòmics, així com per dur a terme el seu anàlisi funcional i diferencial. Proporcionem mètodes per la integració i comparació de dades provinents de diferents condicions, identificant i eliminant biaixos sistemàtics per obtenir una base amb robustesa estadística per l'anàlisi diferencial. També proporcionem funcions per dur a terme un control de qualitat de les dades, per estudiar la conservació i integritat dels dominis de cromatina, per detectar errors tècnics i per ajudar en la selecció de factors epigenètics candidats per la generació de mapes epigenòmics 'de-novo'.
- dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
- dc.format 167 p.
- dc.format application/pdf
- dc.format application/pdf
- dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/586018
- dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/34943
- dc.language.iso eng
- dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
- dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
- dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
- dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
- dc.subject.keyword Epigenetics
- dc.subject.keyword Visualization
- dc.subject.keyword Analysis
- dc.subject.keyword Functional
- dc.subject.keyword Differential
- dc.subject.keyword Epigenètica
- dc.subject.keyword Visualització
- dc.subject.keyword Anàlisi
- dc.subject.keyword Funcional
- dc.subject.keyword Diferencial
- dc.subject.keyword 575
- dc.title Computational tool for visualization, analysis and comparison of epigenomes
- dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
- dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion