Context dependent selection in molecular evolution

Mostra el registre complet Registre parcial de l'ítem

• dc.contributor.author Povolotskaya, Inna
• dc.contributor.other Kondrashov, Fyodor A.
• dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
• dc.date.accessioned 2024-03-16T02:34:07Z
• dc.date.available 2024-03-16T02:34:07Z
• dc.date.issued 2016-05-25T10:49:18Z
• dc.date.issued 2016-05-25T10:49:18Z
• dc.date.issued 2015-02-16
• dc.date.modified 2024-03-15T10:57:23Z
• dc.description.abstract Se ha predicho teóreticamente que la epistasis, es decir, las interacciones genéticas entre diferentes mutaciones, cumple un rol sustancial en procesos evolutivos, tales como la emergencia de la reproducción sexual, la recombinación, la especiación y la evolución adaptativa. Sin embargo, existe poca evidencia experimental o estadística de la ubicuidad de las interacciones epistáticas en la naturaleza. Aquí, estudiamos la evolución de las proteínas a largo plazo, y demostramos que el modelo constante de selección independiente, no es capaz de describir las tasas y patrones de divergencia encontrados en las proteínas: las proteínas divergen mas allá de los límites teóricos y la tasa de divergencia es mucho mas lenta que la esperada. A su vez, demostramos que la evolución de las proteínas se explica mejor bajo la suposición de un intercambio rápido entre los valores de eficacia biológica asociados con aminoácidos individuales. Mas aún, extendemos nuestro estudio computacional y construimos un modelo teórico que captura el efecto de la selección inconstante sobre la evolución molecular.
• dc.description.abstract Epistasis, or genetic interactions between different mutations, is theoretically predicted to play a substantial role in such evolutionary processes as emergence of sexual reproduction and recombination, speciation, adaptive evolution. However, there is little experimental or statistical evidence of the ubiquity of epistatic interactions in nature. Here, we study long-term protein evolution and show that the constant independent selection model cannot describe rates and patterns of protein divergence: protein sequences diverge beyond theoretical limits and the rate of divergence is much slower than predicted. We show that protein evolution is best explained under the assumption of rapid turnover of fitness values associated with individual amino acids. We further extend this computational study and build a theoretical model to capture the effect of non-constant selection on molecular evolution.
• dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
• dc.format 135 p.
• dc.format application/pdf
• dc.format application/pdf
• dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/384000
• dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/26756
• dc.language.iso eng
• dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
• dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
• dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
• dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
• dc.subject.keyword Protein evolution
• dc.subject.keyword Selection
• dc.subject.keyword Epistasis
• dc.subject.keyword Fitness landscape
• dc.subject.keyword Evolución de las proteínas
• dc.subject.keyword Selección
• dc.subject.keyword Paisaje de fitness
• dc.subject.keyword Evolució molecular
• dc.subject.keyword Evolució de les proteïnes
• dc.subject.keyword Selecció
• dc.subject.keyword 575
• dc.title Context dependent selection in molecular evolution
• dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
• dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion