Selenoproteins across the tree of life: Methods and applications

Mostra el registre complet Registre parcial de l'ítem

• dc.contributor.author Santesmasses Ruiz, Didac
• dc.contributor.other Guigó Serra, Roderic
• dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
• dc.date.accessioned 2024-03-16T02:34:43Z
• dc.date.available 2024-03-16T02:34:43Z
• dc.date.issued 2018-05-25T15:54:32Z
• dc.date.issued 2018-05-25T15:54:32Z
• dc.date.issued 2016-12-12
• dc.date.modified 2024-03-15T10:57:18Z
• dc.description.abstract La selenocïsteina és coneguda com a l'aminoàcid 21. Les selenoproteïnes incorporen selenocïsteina en resposta a codons UGA específics mitjançant un mecanisme de recodificació, el qual és present en els tres dominis de la vida, però no en tots els organismes. Els programes estàndard per a la predicció de gens consideren UGA només com a codó stop, per aquesta raó l'anotació de selenoproteínes és, generalment, incorrecte. Hem desenvolupat mètodes computacionals per a la predicció de selenoproteïnes. Mitjançant l'aplicació d'aquestes i altres eines, hem caracteritzat selenoproteïnes a través de l'Arbre de la Vida, on hem observat una evolució dinàmica en la utilització de selenocïsteina en els diferents llinatges. Hem caracteritzat l'abundància i distribució de selenoproteïnes en el microbioma humà. Hem caracteritzat les selenoproteïnes presents a Lokiarchaeota, les quals presenten trets eucariòtics. Finalment hem dedicat especial atenció als insectes, en els quals una progressiva reducció en el nombre de selenoproteïnes culminà en múltiples extincions de selenoproteïnes en esdeveniments evolutius independents.
• dc.description.abstract Selenocysteine is known as the 21st amino acid. Selenoproteins incorporate selenocysteine in response to specific UGA codons through a recoding mechanism, which present in the three domains of life, but not in all organisms. Standard gene prediction programs consider UGA only as stop, and selenoproteins are normally misannotated. We have developed computational methods for prediction of selenoproteins. By applying these and other tools, we have characterized selenoproteins across the Tree of Life, showing a diverse evolution of the utilization of selenocysteine in different lineages. We have characterized the abundance and distribution of selenoproteins in the human microbiota. We characterized the selenoproteins in Lokiarchaeota, which have some eukaryotic-like features. Finally we gave special attention to insects, in which a progressive reduction in the number of selenoproteins culminated in multiple independent selenoprotein extinctions.
• dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
• dc.format 171 p.
• dc.format application/pdf
• dc.format application/pdf
• dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/565634
• dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/34735
• dc.language.iso eng
• dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
• dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
• dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
• dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
• dc.subject.keyword Selenoprotein
• dc.subject.keyword Selenocysteine
• dc.subject.keyword tRNA-Sec
• dc.subject.keyword SECIS
• dc.subject.keyword Evolution
• dc.subject.keyword Selenoproteïna
• dc.subject.keyword Selenocisteïna
• dc.subject.keyword Evolució
• dc.subject.keyword 575
• dc.title Selenoproteins across the tree of life: Methods and applications
• dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
• dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion