The Impact of germline variants on human somatic mutation processes

Mostra el registre complet Registre parcial de l'ítem

• dc.contributor.author Vali Pour Jamnani, Mischan
• dc.contributor.other Lehner, Ben
• dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
• dc.date.accessioned 2024-03-16T02:34:07Z
• dc.date.available 2024-03-16T02:34:07Z
• dc.date.issued 2022-06-08T15:02:21Z
• dc.date.issued 2022-12-02T23:45:32Z
• dc.date.issued 2022-06-02
• dc.date.modified 2024-03-15T10:57:26Z
• dc.description.abstract Somatic mutations are an inevitable component of ageing and the most important cause of cancer. The rates and types of somatic mutation vary across individuals, but relatively few inherited influences on mutation processes are known. Here, we performed systematic studies investigating the influence of rare and common germline variants on somatic mutational processes. Firstly, we extracted somatic mutational components via independent component analysis and variational autoencoder neural networks from human cancer genomes. Secondly, we identified via a gene-based rare damaging variant association study with diverse mutational processes that diverse genes associate with many different mutational processes. Thirdly, in a genome-wide association study between common germline variants and different mutational processes, several hits at genome-wide significance were identified. Fourthly, significant heritable somatic mutational processes based on common variants were detected and heritability of the total mutation burden could be attributed to at least three different mutational processes. Overall, we suggest that mutational processes in our cells have an important heritable component, contributing to inter-individual differences in somatic mutation accumulation.
• dc.description.abstract Les mutacions somàtiques són un component inevitable de l'envelliment i la causa més important de càncer. Les taxes i els tipus de mutació somàtica varien entre els individus, però la base genética d’aquista variació no ha estat estudiada sistemàticament. Aquí, hem realitzat estudis sistemàtics que investiguen la influència de variants rares i comunes de la línia germinal en els processos mutacionals somàtics. En primer lloc, hem extret components mutacionals somàtics mitjançant anàlisi de components independents I xarxes neuronals d’autocodificadors variacionals de genomes tumorals. En segon lloc, mitjançant un estudi d'associació de gens amb variants perjudicials rares, hem identificat que diversos gens associen amb molts processos mutacionals diferents. En tercer lloc, en un estudi d'associació a tot el genoma entre variants comunes de línia germinal i diferents processos mutacionals, hem identificat diversos gens que arriben al llindar de significativitat a escala genòmica. En quart lloc, hem detectat processos mutacionals somàtics hereditaris significatius basats en variants comunes i hem atribuit l'heretabilitat de la càrrega total de mutacions a almenys tres processos mutacionals diferents. En general, suggerim que els processos mutacionals a les nostres cèl·lules tenen un component hereditari important, que contribueix a les diferències interindividuals en l'acumulació de mutacions somàtiques.
• dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
• dc.format 228 p.
• dc.format application/pdf
• dc.format application/pdf
• dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/674462
• dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/53437
• dc.language.iso eng
• dc.rights ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
• dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
• dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
• dc.subject.keyword Cancer
• dc.subject.keyword Genomics
• dc.subject.keyword Mutacional processes
• dc.subject.keyword Gemline variants
• dc.subject.keyword Heritability of cancer
• dc.subject.keyword Càncer
• dc.subject.keyword Genòmica
• dc.subject.keyword Processos mutacionals
• dc.subject.keyword Variants de la línia germinal
• dc.subject.keyword Heretabilitat del càncer
• dc.subject.keyword 575
• dc.title The Impact of germline variants on human somatic mutation processes
• dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
• dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion