RNA metabolism is dynamically orchestrated by RNA-binding proteins (RBPs) in different
subcellular spaces. Aberrant regulation of the subcellular RNA-protein interactions leads
to severe diseases, such as neural degenerations and cancers. Understanding the precise
spatiotemporal dynamics of RBPs and their interacting networks in the steady state and
upon perturbation is key to deciphering the cell function. We present the coRIC
(compartmentalized RNA Interactome Capture) map, an experimental resource ...
RNA metabolism is dynamically orchestrated by RNA-binding proteins (RBPs) in different
subcellular spaces. Aberrant regulation of the subcellular RNA-protein interactions leads
to severe diseases, such as neural degenerations and cancers. Understanding the precise
spatiotemporal dynamics of RBPs and their interacting networks in the steady state and
upon perturbation is key to deciphering the cell function. We present the coRIC
(compartmentalized RNA Interactome Capture) map, an experimental resource and
analytical pipeline to study the subcellular dynamics of RBPs through multimodal dataset
integration and machine learning. coRIC map successfully identified 1,768 RBPs, including
previously underestimated RBPs, spanning 14 major subcellular regions. This map offered
us the opportunity to delineate subcellular RBP features, their intermolecular and
intercompartmental relationships. We have also defined the hierarchy of RBP complexes
at multiple scales across the cell, uncovering previously unknown functions of multiple
RBPs, such as IGF2BP1. Application of coRIC under the perturbations of DNA damage
and ALS-related dipeptide repeats uncovered the cRBP dynamic changes in complex
composition and subcellular distribution. Our work provides a new reference for
systematically studying the subcellular RNA-protein interactions, which helps understand
the RBP regulatory networks in RNA biology and disease.
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El metabolismo del ARN está orquestado dinámicamente por proteínas de unión a ARN (RBP) en
diferentes espacios subcelulares. La regulación aberrante de las interacciones subcelulares entre
ARN y proteínas conduce a enfermedades graves, como degeneraciones neuronales y cánceres.
Comprender la dinámica espaciotemporal precisa de las RBP y sus redes interactivas en estado
estacionario y tras perturbaciones es clave para descifrar la función celular. Presentamos el mapa
coRIC (captura compartimentada ...
El metabolismo del ARN está orquestado dinámicamente por proteínas de unión a ARN (RBP) en
diferentes espacios subcelulares. La regulación aberrante de las interacciones subcelulares entre
ARN y proteínas conduce a enfermedades graves, como degeneraciones neuronales y cánceres.
Comprender la dinámica espaciotemporal precisa de las RBP y sus redes interactivas en estado
estacionario y tras perturbaciones es clave para descifrar la función celular. Presentamos el mapa
coRIC (captura compartimentada de interactomas de ARN), un recurso experimental y un canal
analítico para estudiar la dinámica subcelular de RBP a través de la integración de conjuntos de
datos multimodales y el aprendizaje automático. El mapa coRIC identificó con éxito 1768 RBP,
incluidas RBP previamente subestimadas, que abarcan 14 regiones subcelulares principales. Este
mapa nos ofreció la oportunidad de delinear las características de la RBP subcelular, sus relaciones
intermoleculares e intercompartimentales. También hemos definido la jerarquía de complejos RBP
en múltiples escalas en la célula, descubriendo funciones previamente desconocidas de múltiples
RBP, como IGF2BP1. La aplicación de coRIC bajo las perturbaciones del daño del ADN y las
repeticiones de dipéptidos relacionadas con la ELA descubrió los cambios dinámicos de cRBP en la
composición compleja y la distribución subcelular. Nuestro trabajo proporciona una nueva
referencia para estudiar sistemáticamente las interacciones subcelulares entre ARN y proteínas, lo
que ayuda a comprender las redes reguladoras de RBP en la biología y las enfermedades del ARN.
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Programa de Doctorat en Biomedicina