Hem desenvolupat "TCRanker", una eina computacional que pren com a entrada dades de seqüenciació d'ARN d'una sola cèl·lula (scRNA-seq) combinades amb dades de seqüenciació de TCR d'una sola cèl·lula (scTCR-seq) i classifica els TCR en una mostra de tumor segons la seva probabilitat de reconèixer els antígens tumorals. Per classificar els TCR, TCRanker avalua l'expansió clonal de les cèl·lules T i les característiques transcripcionals de les cèl·lules T associades a la reactivitat del tumor en cada ...
Hem desenvolupat "TCRanker", una eina computacional que pren com a entrada dades de seqüenciació d'ARN d'una sola cèl·lula (scRNA-seq) combinades amb dades de seqüenciació de TCR d'una sola cèl·lula (scTCR-seq) i classifica els TCR en una mostra de tumor segons la seva probabilitat de reconèixer els antígens tumorals. Per classificar els TCR, TCRanker avalua l'expansió clonal de les cèl·lules T i les característiques transcripcionals de les cèl·lules T associades a la reactivitat del tumor en cada clonotip de cèl·lules T. Vam avaluar el seu rendiment predictiu mitjançant dades disponibles públicament, demostrant la utilitat del nostre enfocament.
+
Desarrollamos "TCRanker", una herramienta computacional que toma como entrada datos de secuenciación de ARN de una sola célula (scRNA-seq)
combinados con datos de secuenciación de TCR de una sola célula (scTCR-seq) y clasifica los TCR en una muestra de tumor según su probabilidad para reconocer antígenos tumorales. Para clasificar los TCR, TCRanker evalúa la expansión clonal de las células T y las características transcripcionales de las células T asociadas con la reactividad tumoral en cada clonotipo ...
Desarrollamos "TCRanker", una herramienta computacional que toma como entrada datos de secuenciación de ARN de una sola célula (scRNA-seq)
combinados con datos de secuenciación de TCR de una sola célula (scTCR-seq) y clasifica los TCR en una muestra de tumor según su probabilidad para reconocer antígenos tumorales. Para clasificar los TCR, TCRanker evalúa la expansión clonal de las células T y las características transcripcionales de las células T asociadas con la reactividad tumoral en cada clonotipo de células T. Evaluamos su rendimiento predictivo utilizando datos disponibles públicamente, lo que demuestra la utilidad de nuestro enfoque.
+
We developed “TCRanker”, a computational tool that takes as input single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) data paired with single-cell TCR-sequencing (scTCR-seq) data and ranks TCRs in a tumor sample according to their likelihood to recognize tumor antigens. To rank TCRs, TCRanker evaluates T cell clonal expansionand T cell transcriptional features associated with tumor reactivity in each T cell clonotype. We compared TCRanker with other tools, and evaluated its predictive performance using publicly ...
We developed “TCRanker”, a computational tool that takes as input single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) data paired with single-cell TCR-sequencing (scTCR-seq) data and ranks TCRs in a tumor sample according to their likelihood to recognize tumor antigens. To rank TCRs, TCRanker evaluates T cell clonal expansionand T cell transcriptional features associated with tumor reactivity in each T cell clonotype. We compared TCRanker with other tools, and evaluated its predictive performance using publicly available data, demonstrating the utility of our approach.
+
