Welcome to the UPF Digital Repository

VisualMethyl: a shiny web application for interactive DNA methylation analysis and visualization

Show simple item record

dc.contributor.author Fernández Rebollo, Irene
dc.date.accessioned 2021-11-16T14:52:21Z
dc.date.available 2021-11-16T14:52:21Z
dc.date.issued 2021
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/48991
dc.description Treball de fi de grau en Bioinformàtica. Curs 2020-2021
dc.description Tutor: Manuel Castro de Moura
dc.description.abstract El procés d’anàlisi de la metilació de l'ADN requereix l'ús d'eines que impliquen habilitats de programació; per això, és necessari crear aplicacions que produeixin resultats d'una manera senzilla i interactiva que permeti a l'usuari visualitzar i comprendre les dades amb claredat. VisualMethyl és una aplicació web que proporciona l'anàlisi i visualitzacions interactives d'arrays de metilació d'ADN (450k i EPIC). Aquesta eina realitza control de qualitat, anàlisi exploratòria, metilació diferencial, enriquiment funcional, i anàlisi de supervivència. Els resultats es presenten de forma interactiva a través de gràfics i taules dinámics que es poden descarregar.
dc.description.abstract El proceso de análisis de la metilación del ADN requiere el uso de herramientas que implican habilidades de programación; por ello, es necesario crear aplicaciones que produzcan resultados de una manera sencilla e interactiva que permita al usuario visualizar y comprender los datos con claridad. VisualMethyl es una aplicación web que proporciona el análisis y visualizaciones interactivas de arrays de metilación de ADN (450k y EPIC). Esta herramienta realiza control de calidad, análisis exploratorio, metilación diferencial, enriquecimiento funcional y análisis de supervivencia. Los resultados se presentan de manera interactiva a través de gráficos y tablas dinámicos que se pueden descargar.
dc.description.abstract The DNA methylation data analysis process requires the use of tools and pipelines that implicate programming skills; for this reason, it is necessary to create applications that provide results in a simple, interactive way that allows the user to visualize and understand the data clearly. VisualMethyl is a shiny web application that provides the analysis and interactive visualizations of DNA methylation arrays (450k and EPIC). This tool performs quality control, exploratory analysis, differential methylation, functional enrichment, and survival analysis. The results obtained are presented in an interactive way through the use of dynamic graphs and tables which can be downloaded.
dc.format.mimetype application/pdf
dc.language.iso eng
dc.rights This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 license
dc.rights.uri http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/
dc.subject.other Treball de fi de grau – Curs 2020-2021
dc.subject.other ADN – Metilació
dc.title VisualMethyl: a shiny web application for interactive DNA methylation analysis and visualization
dc.type info:eu-repo/semantics/bachelorThesis
dc.subject.keyword Shiny
dc.subject.keyword DNA methylation
dc.subject.keyword User-friendly
dc.rights.accessRights info:eu-repo/semantics/openAccess

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search DSpace


Advanced Search

Browse

My Account

Statistics

In collaboration with Compliant to Partaking