A Computational toolkit to boost precision oncology with pharmacogenomics

Mateo Ramos, Lídia

Home
→
Recerca: tesis
→
TDX
→
View Item

dc.contributor.author	Mateo Ramos, Lídia
dc.contributor.other	Aloy, Patrick
dc.contributor.other	Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.date.accessioned	2024-10-19T01:36:07Z
dc.date.available	2024-10-19T01:36:07Z
dc.date.issued	2020-01-21T16:38:35Z
dc.date.issued	2021-06-25T14:00:17Z
dc.date.issued	2019-12-18
dc.identifier	http://hdl.handle.net/10803/668324
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/10230/43387
dc.description.abstract	Durant la darrera dècada la seqüenciació massiva de pacients de cancer ha permés avançar de forma significativa el coneixement sobre les bases moleculars del càncer. Un cop assolit aquest primer pass, el repte que tenim per davant és explotar aquestes dades en benefici dels pacients oncològics, en el marc de la medicina personalitzada. En aquesta tesi, presentem una sèrie d'eines computacionals que pretenen expandir el domini d'aplicació de les teràpies dirigides, contribuint així a escurçar la bretxa entre la recerca i la pràctica clínica. Primerament, presentem dues eines que permeten visualitzar les mutacions (PanorOmics) i els pacients de càncer (OncoGenomic Landscapes) i contextualitzar-los en el corpus de dades i coneixement actuals. Anant un pas més enllà, presentem 'Targeted Cancer Therapy For You' (TCT4U), una metodologia que permet predir resposta a tractaments en base a la co-ocurrència d'alteracions oncogèniques. Finalment, hem extret signatures transcripcionals que ens permeten monitoritzar en cada pacient l'activitat oncogènica de 10 vies de senyalització mitogènica, i identificar compostos químics que tenen el potencial de revertir-la.
dc.description.abstract	During the last decade much progress has been made in understanding the genomic basis of human cancer thanks to the massive molecular profiling of cancer patients. Although this is a first and essential step, the most imperative challenge ahead is to find the way to exploit this wealth of data to fulfill the promise of personalized medicine and improve patient treatment and prognosis. In this thesis, we present a computational toolkit that could be used to expand the applicability domain of precision oncology, contributing to close the bench to bedside gap. First, we developed two tools for contextualizing individual mutations (PanorOmics) and individual patients (OncoGenomic Landscapes) within the body of clinical and scientific evidence currently available. Then, we went a step further and developed Targeted Cancer Therapy For You (TCT4U), a methodology that exploits driver gene co-occurrences to predict drug response. Finally, we extracted transcriptional signatures that allow us to monitor the oncogenic activity of 10 mitogenic pathways in each patient, and to identify drugs that are likely to revert this oncogenic endophenotype.
dc.description.abstract	Programa de doctorat en Biomedicina
dc.format	146 p.
dc.format	application/pdf
dc.format	application/pdf
dc.language.iso	eng
dc.publisher	Universitat Pompeu Fabra
dc.rights	ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.source	TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.title	A Computational toolkit to boost precision oncology with pharmacogenomics
dc.type	info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type	info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.modified	2024-10-03T03:39:23Z
dc.subject.keyword	Medicina personalitzada
dc.subject.keyword	Biomarcadors de resposta farmacològica
dc.subject.keyword	Pharmacogenòmica
dc.subject.keyword	Precision oncology
dc.subject.keyword	Drug response biomarkers
dc.subject.keyword	Pharmacogenomics
dc.subject.keyword	615