Welcome to the UPF Digital Repository

A Computational toolkit to boost precision oncology with pharmacogenomics

Show simple item record

dc.contributor.author Mateo Ramos, Lídia, 1989-
dc.contributor.other Aloy, Patrick, 1972-
dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.date.accessioned 2021-06-30T01:28:54Z
dc.date.available 2021-06-30T01:28:54Z
dc.date.issued 2019-12-18
dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/668324
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/43387
dc.description.abstract Durant la darrera dècada la seqüenciació massiva de pacients de cancer ha permés avançar de forma significativa el coneixement sobre les bases moleculars del càncer. Un cop assolit aquest primer pass, el repte que tenim per davant és explotar aquestes dades en benefici dels pacients oncològics, en el marc de la medicina personalitzada. En aquesta tesi, presentem una sèrie d'eines computacionals que pretenen expandir el domini d'aplicació de les teràpies dirigides, contribuint així a escurçar la bretxa entre la recerca i la pràctica clínica. Primerament, presentem dues eines que permeten visualitzar les mutacions (PanorOmics) i els pacients de càncer (OncoGenomic Landscapes) i contextualitzar-los en el corpus de dades i coneixement actuals. Anant un pas més enllà, presentem 'Targeted Cancer Therapy For You' (TCT4U), una metodologia que permet predir resposta a tractaments en base a la co-ocurrència d'alteracions oncogèniques. Finalment, hem extret signatures transcripcionals que ens permeten monitoritzar en cada pacient l'activitat oncogènica de 10 vies de senyalització mitogènica, i identificar compostos químics que tenen el potencial de revertir-la.
dc.description.abstract During the last decade much progress has been made in understanding the genomic basis of human cancer thanks to the massive molecular profiling of cancer patients. Although this is a first and essential step, the most imperative challenge ahead is to find the way to exploit this wealth of data to fulfill the promise of personalized medicine and improve patient treatment and prognosis. In this thesis, we present a computational toolkit that could be used to expand the applicability domain of precision oncology, contributing to close the bench to bedside gap. First, we developed two tools for contextualizing individual mutations (PanorOmics) and individual patients (OncoGenomic Landscapes) within the body of clinical and scientific evidence currently available. Then, we went a step further and developed Targeted Cancer Therapy For You (TCT4U), a methodology that exploits driver gene co-occurrences to predict drug response. Finally, we extracted transcriptional signatures that allow us to monitor the oncogenic activity of 10 mitogenic pathways in each patient, and to identify drugs that are likely to revert this oncogenic endophenotype.
dc.format application/pdf
dc.format 146 p.
dc.language.iso eng
dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.title A Computational toolkit to boost precision oncology with pharmacogenomics
dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.modified 2021-06-28T14:17:19Z
dc.subject.keyword Medicina personalitzada
dc.subject.keyword Biomarcadors de resposta farmacològica
dc.subject.keyword Pharmacogenòmica
dc.subject.keyword Precision oncology
dc.subject.keyword Drug response biomarkers
dc.subject.keyword Pharmacogenomics
dc.subject.keyword 615


Files in this item

Files Size Format View

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search DSpace


Advanced Search

Browse

My Account

Statistics

Compliant to Partaking