Unraveling macrophage metabolic phenotypes in cytokine storms: a systems biology perspective

Abstract

En aquest projecte es crea una eina que simula el metabolisme cel·lular dels macròfags i compara les diferències metabòliques entre els macròfags exposats i no exposats a una tempesta de citoquines. L'eina és capaç d'integrar dades experimentals (transcriptòmica, continguts del medi i ratis de consum de les diferents condicions) per simular de la manera més precisa possible el metabolisme i permetre una millor comparació entre els macròfags. Les diferències metabòliques entre els macròfags de les dues condicions definides són d'interès, ja que diversos articles han assenyalat una presència de citoquines en els pacients de COVID-19 associada a una major mortalitat en aquests pacients.En este proyecto se crea una herramienta que simula el metabolismo celular de los macrófagos y compara las diferencias metabólicas entre los macrófagos expuestos y no expuestos a una tormenta de citoquinas. La herramienta es capaz de integrar datos experimentales (transcriptómica, contenidos del medio y ratios de consumo de las diferentes condiciones) para simular de la forma más precisa posible el metabolismo y permitir una mejor comparación entre los macrófagos. Las diferencias metabólicas entre los macrófagos de ambas condiciones definidas son de interés, ya que varios artículos han señalado una presencia de citoquinas en los pacientes de COVID-19 asociada a una mayor mortalidad en estos pacientes.In this project, a workflow is created for simulating the cellular metabolism of macrophages and comparing the metabolic differences between macrophages exposed to cytokine storm and non activated macrophages. The tool is able to integrate experimental data (transcriptomics, media contents and consumption rates of the different conditions) to simulate the metabolism as accurately as possible and allow a better comparison between macrophages. The metabolic differences between the macrophages of the two defined conditions are of interest, since several articles have pointed out a presence of cytokines in the patients of COVID-19 associated with a higher mortality in these patients.