Unravelling the nasal microbiome of piglets through whole genome metagenomics sequencing

Abstract

El microbioma nasal dels garrins, que inclou bacteris, arquees, fongs i virus, impacta significativament en la seva salut i resistència a malalties. El seqüenciat metagenòmic del genoma complet de mostres nasals de porcellons sotmesos a diversos tractaments, com ara probiòtics i antibiòtics, va revelar canvis significatius en la composició de la comunitat microbiana amb el temps. L'anàlisi feta amb l'eina MetaWRAP i eines com Kraken2, PROKKA i SignalP va identificar canvis notables en taxons bacterians, arqueus, fúngics i virals, predominant els bacteriòfags en el viroma. Es van observar diferències significatives en la diversitat microbiana entre els tractaments i els dies. L'estudi també va destacar perfils secretòmics diferents entre els grups, suggerint un paper en la salut i resistència a malalties dels porcellons.El microbioma nasal de los lechones, que incluye bacterias, arqueas, hongos y virus, impacta significativamente en su salud y resistencia a enfermedades. El secuenciado metagenómico completo del genoma de disparo de muestras nasales de lechones sometidos a diversos tratamientos, como probióticos y antibióticos, reveló cambios significativos en la composición de la comunidad microbiana con el tiempo. El análisis utilizando el paquete MetaWRAP identificó cambios notables en taxones bacterianos, arqueas, fúngicos y virales, predominando los bacteriófagos en el viroma. Se observaron diferencias significativas en la diversidad microbiana entre los tratamientos y los días. El estudio también destacó perfiles secretómicos distintos entre los grupos, sugiriendo un papel en la salud y resistencia a enfermedades de los lechones.The nasal microbiome of piglets, including bacteria, archaea, fungi, and viruses, significantly impacts their health and disease resistance. Whole-genome shotgun metagenomic sequencing of nasal samples from piglets subjected to various treatments, such as probiotics and antibiotics, revealed significant shifts in microbial community composition over time. Analysis using the MetaWRAP pipeline identified notable changes in bacterial, archaeal, fungal, and viral taxa, with bacteriophages predominating the virome. Significant differences in microbial diversity were observed across treatments and days. The study also highlighted distinct secretome profiles among groups, suggesting a role in piglet health and disease resistance.