Modeling splicing-related autosomal dominant retinitis pigmentosa in Caenorhabditis elegans

Mostra el registre complet Registre parcial de l'ítem

• dc.contributor.author Rubio Peña, Karinna Denise
• dc.contributor.other Cerón Madrigal, Julián
• dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
• dc.date.accessioned 2024-03-16T02:34:21Z
• dc.date.available 2024-03-16T02:34:21Z
• dc.date.issued 2018-07-23T16:12:30Z
• dc.date.issued 2018-07-23T16:12:30Z
• dc.date.issued 2017-07-20
• dc.date.modified 2024-03-15T10:57:15Z
• dc.description.abstract Mutations in some ubiquitously expressed splicing factors genes have been linked to the autosomal dominant form of a rare genetic disease called Retinitis Pigmentosa (adRP). RP is characterized by a progressive visual degeneration produced by the apoptosis of photoreceptors. Taking advantage of RNA mediated-interference (RNAi) and RNA-sequencing we started to build a C. elegans model where to study the disease. We found two important similarities between s-adRP and the RNAi phenotypes observed in C. elegans: (i) there is a cell-type-specific apoptosis and (ii) it seems to be associated with transcriptionally active tissues. We have stated a working model to investigate the mechanisms that triggers apoptosis in these s-adRP retinal cells. This model involves inefficient splicing, reduced transcriptional efficiency, and presence of R-loops as source of replicative stress and genomic instability. Additionally, we are using CRISPR/Cas9 to introduce specific s-adRP mutations in the C. elegans genome to constitute a platform where to screen for genetic or drug modifiers of the disease.
• dc.description.abstract Mutaciones en genes que codifican factores de splicing expresados de forma ubicua, han sido asociados a la forma autosómica dominante de una enfermedad genética rara llamada Retinitis Pigmentosa (adRP). La RP se caracteriza por una degeneración visual progresiva causada por la apoptosis de fotoreceptores. Utilizando técnicas de ARN de interferencia (RNAi) y secuenciación de ARN empezamos a construir un modelo de la enfermedad en C. elegans. Encontramos dos similitudes importantes entre la adRP asociada a splicing (s-adRP) y los fenotipos de RNAi en C. elegans: (i) hay una apoptosis específica de un tipo celular, y (ii) parece estar asociada a tejidos de alta actividad transcripcional. Establecimos un modelo para estudiar el mecanismo que desencadena la apoptosis en estas células de la retina afectaras por s-adRP. Este modelo incluye un splicing ineficiente, reducción en la eficiencia de la transcripción, y presencia de R-loops como fuente de estrés replicativo e inestabilidad genómica. Adicionalmente, estamos utilizando CRISPR/Cas9 para introducir mutaciones especificas de s-adRP en el genoma de C. elegans para constituir una plataforma donde identificar modificadores genéticos o farmacéuticos de la enfermedad.
• dc.description.abstract Programa de doctorat en Biomedicina
• dc.format 184 p.
• dc.format application/pdf
• dc.format application/pdf
• dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/587146
• dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/35254
• dc.language.iso cat
• dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
• dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
• dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
• dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
• dc.subject.keyword Caenorhabditis elegans
• dc.subject.keyword Retinitis pigmentosa
• dc.subject.keyword RNA-seq
• dc.subject.keyword CRISPR
• dc.subject.keyword R-loops
• dc.subject.keyword Factores de splicing
• dc.subject.keyword Estrés replicativo
• dc.subject.keyword Inestabilidad genómica
• dc.subject.keyword Apoptosis
• dc.subject.keyword Retención de intrones
• dc.subject.keyword 576
• dc.title Modeling splicing-related autosomal dominant retinitis pigmentosa in Caenorhabditis elegans
• dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
• dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion