Welcome to the UPF Digital Repository

Optimizing CRISPR-Cas technologies in Caenorhabditis elegans : Nested CRISPR and expanded targeting with Cas variants

Show simple item record

dc.contributor.author Vicencio, Jeremy, 1990- autor
dc.contributor.other Cerón Madrigal, Julián
dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut.
dc.date.accessioned 2021-10-16T01:29:41Z
dc.date.available 2021-10-16T01:29:41Z
dc.date.issued 2021-09-03
dc.date.issued info:eu-repo/date/embargoEnd/2022-03-03
dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/672604
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/48670
dc.description.abstract In this thesis, I present an alternative, cloning-free method for the generation of endogenous fluorescent reporters in the nematode Caenorhabditis elegans. I demonstrate that Nested CRISPR is an efficient method that can be customized for the insertion of a suite of fluorescent tags and epitopes at endogenous loci using a combination of single-stranded and double-stranded DNA repair templates. In this thesis, I also demonstrate the use of enzymes other than Cas9 to target non-NGG PAM sites. The results show that AsCas12a can perform efficient genome editing in TTTV PAMs. Furthermore, the structurally engineered Cas9 variants SpG and SpRY can mediate genome editing in NGN and NYN PAMs, respectively, via both error-prone and precise repair mechanisms under optimized conditions.
dc.description.abstract En esta tesis presento un método alternativo, sin la necesidad de clonaciones moleculares, para la generación de reporteros endógenos fluorescentes en el nematodo Caenorhabditis elegans. Demuestro que Nested CRISPR es una técnica eficiente que puede ser adaptada para la inserción de diversos etiquetas y epítopos fluorescentes en loci endógenos empleando una combinación de moldes de reparación de ADN de cadena simple y doble. También demuestro el uso de enzimas distintas a Cas9 para cubrir secuencias PAM distintas de NGG. Los resultados muestran que AsCas12a puede realizar la edición genómica de manera eficiente en PAMs TTTV. Además, las variantes estructuralmente diseñadas de Cas9, SpG y SpRY, pueden llevar a cabo edición genómica en PAMs NGN y NYN respectivamente, mediante mecanismos propensos a errores y de reparación precisa, en condiciones optimizadas.
dc.format application/pdf
dc.format 233 p.
dc.language.iso eng
dc.rights ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.title Optimizing CRISPR-Cas technologies in Caenorhabditis elegans : Nested CRISPR and expanded targeting with Cas variants
dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.modified 2021-10-14T15:11:03Z
dc.subject.keyword Genome editing
dc.subject.keyword CRISPR
dc.subject.keyword Caenorhabditis elegnas
dc.subject.keyword Genetic engineering
dc.subject.keyword Cas9 variants
dc.subject.keyword Edición genómica
dc.subject.keyword Caernohabditis elegans
dc.subject.keyword Ingeniería genética
dc.subject.keyword Variantes de Cas9
dc.subject.keyword 575


Files in this item

Files Size Format View

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search DSpace


Advanced Search

Browse

My Account

Statistics

Compliant to Partaking