Varela Rial, AlejandroDe Fabritiis, GianniUniversitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut2024-03-162024-03-162022-02-252023-02-212022-02-21http://hdl.handle.net/10230/52582The affinity of a drug to its target protein is one of the key properties of a drug. Although there are experimental methods to measure the binding affinity, they are expensive and relatively slow. Hence, accurately predicting this property with software tools would be very beneficial to drug discovery. In this thesis, several applications have been developed to model and predict the binding mode of a ligand to a protein, to evaluate the feasibility of that prediction and to perform model interpretability in deep neural networks trained on protein-ligand complexes.La afinidad de un fármaco a su proteína diana es una de las propiedades clave de un fármaco. Actualmente, existen métodos experimentales para medir la afinidad, pero son muy costosos y relativamente lentos. Así, predecir esta propiedad con precisión empleando herramientas de software sería muy beneficioso para el descubrimiento de fármacos. En esta tesis se han desarrollado aplicaciones de software para modelar y predecir el modo de unión de ligando a proteína, para evaluar cómo de factible es tal predicción y para interpretar redes neuronales profundas entrenadas en complejos proteína-ligando.Programa de doctorat en Biomedicina120 p.application/pdfapplication/pdfengADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.info:eu-repo/semantics/openAccessinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisDockingNeural networksExplainable artificial intelligencePharmacophoreModelingAcoplamiento molecularRedes neuronalesInteligencia artificial explicableFarmacóforoModelización577