Khan, Abdul KareemVillà i Freixa, JordiUniversitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut2024-03-162024-03-162011-04-122009-07-142009-03-052009-07-14http://hdl.handle.net/10230/12120La preorganització electrostàtica del centre actiu s'ha postulat com el mecanisme genèric de l'acció dels enzims. Així, alguns residus "estratègics" es disposarien per catalitzar reaccions interaccionant en una forma més forta amb l'estat de transició, baixant d'aquesta manera el valor de l'energia dactivació &#61508;g cat. S'ha proposat que aquesta preorientació electrostática s'hauria de poder mostrar analitzant l'estabilitat electrostàtica de residus individuals en el centre actiu.<br/>Ras es una proteïna essencial de senyalització i actúa com un interruptor cel.lular. Les característiques estructurals de Ras en el seu estat actiu (ON) són diferents de les que té a l'estat inactiu (OFF). En aquesta tesi es duu a terme una anàlisi exhaustiva de l'estabilitat dels residus del centre actiu deRas en l'estat actiu i inactiu.The electrostatic preorganization of the active site has been put forward as the general framework of action of enzymes. Thus, enzymes would position "strategic" residues in such a way to be prepared to catalyze reactions by<br/>interacting in a stronger way with the transition state, in this way decreasing the activation energy &#61508;g cat for the catalytic process. It has been proposed that<br/>such electrostatic preorientation should be shown by analyzing the electrostatic stability of individual residues in the active site.<br/>Ras protein is an essential signaling molecule and functions as a switch in the<br/>cell. The structural features of the Ras protein in its active state (ON state) are different than those in its inactive state (OFF state). In this thesis, an exhaustive analysis of the stability of residues in the active and inactive Ras active site is performed.Programa de doctorat en Biomedicinaapplication/pdfapplication/pdfengADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.info:eu-repo/semantics/openAccessinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisdinàmicacentre actiurelacions d'estructura activitatpreorganitzacióreorganitzacióestat de transicióestat actiuestabilitat electrostàticainteracción proteïna-proteïnatest de ranks de WilcoxonP-loopG1 motifHVRmetastabilityRMSDsubstrate assisted catalysissequence alignmentbeta sheethelixZ-testwilcoxon rank testprotein-protein interactionselectrostatic stabilityactive statedynamicssignal transductionelectrostatic stabilizationras effectorsguanine exchange factorGTPase-activating proteinsquantum mechanics/molecularPDLD/S-LRAX-ray crystallographysolvation energyfree energy perturbationstatistical analysisGTP hydrolysisguanosine diphosphateguanosine triphosphatecomputer simulationthermodynamicsprotein conformationelectrostaticsinterruptor IIinterruptor Illaç Pmotiu G1HVR (regions altament variables)metaestabilitaRMSDcatàlisi assistida pel substrataliniament de seqüènciafulla betahèlixtest Ztransducció del senyalestabilització electrostàticaefectors de rasfactor de bescamvi de guaninaproteïnes activadores de l'activitatmecànica quàntica/mecànicaPDLD/S-LRAcristalografia de raigs Xenergia de solvatacióperturbació de l'energia lliureanàlisi estadísticahidròlisi de GTPdifosfat de guanosinatrifosfat de guanosinasimulació computacionaltermodinàmicaconformació proteïcaelectrostàticaswitch-Iswitch-II537576