Ullrich, SebastianGuigó Serra, RodericUniversitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut2024-03-162024-03-162019-02-182020-12-192018-12-19http://hdl.handle.net/10230/36629Gene regulation orchestrates the development of different cell types and organs from the same genetic blueprint. While the basic mode of gene regulation is driven by transcription factors, there are a variety of other mechanisms that determine the amount of RNA produced per genes. In this work we first investigate specifically intron retention as a mode of alternative splicing that alters the cellular transcriptomes. As a model, we use hematopoiesis. We compare intron retention in different stages of human and mouse B-cell development to granulocyte differentiation. We further explore expression and binding patterns of splicing regulatory factors. Second, we investigate the role of lncRNAs in the transdifferentiation of B-cell related lymphoma cells to macrophages. We specifically explore the role of a set of upregulated lncRNAs during this process. We deplete their expression during transdifferentiation with CRISPR/Cas9 to identify potential genes that retard or block the process and therefore are crucial for changing cell identity.La regulació gènica determina el desenvolupament dels diferents tipus cel·lulars, teixits i òrgans. Tot i que el mode bàsic de regulació és dirigit per factors de transcripció, existeixen una gran varietat de mecanismes que contribueixen a determinar la quantitat de RNA produïda pels gens. En aquest treball, investiguem en primer lloc la retenció d’introns com un tipus d’splicing alternatiu que altera el transcriptome cel·lular. Com a model biològic, ens centrem en la hematopoesi. Comparem la retenció d’introns en diferents estadis del desenvolupament de limfòcits B en humà i ratolí amb la retenció durant la diferenciació del granulòcits. Estudiem també el patró d’expressió i d’unió (binding) dels factors de regulació de l’splicing. En segon lloc, investiguem el paper dels RNA llargs no codificants (long non coding RNAs, lncRNAs) en la transdiferenciació de limfòcits B a macròfags. En particular, el paper d’aquells lncRNAs que son regulats positivament durant aquest procés. Reduïm la seva expressió durant la transdiferenciació mitjançant la tècnica CRISPR/Cas9 amb l’objectiu d’identificar gens amb el potencial de retardar o de bloquejar el procés i que, en conseqüència, pugui jugar un paper crucial en el canvi de la identitat cel·lular.Programa de doctorat en Biomedicina129 p.application/pdfapplication/pdfengADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.info:eu-repo/semantics/openAccessinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisIntion retentionIncRNACRISPRHematopoiesisRetenció d'intronsARN llargs no codificants575