On the evolution of cancer genomes : Signatures of selection reveal cancer genes across multiple tumor types

Zapata Ortiz, Luis

On the evolution of cancer genomes : Signatures of selection reveal cancer genes across multiple tumor types

Document Type

Doctoral thesis
Published Version

Author

Zapata Ortiz, Luis

Director

Ossowski, Stephan

Publication Date

2016-10-05

Pages

179 p.

License

Citation

Zapata Ortiz, L. On the evolution of cancer genomes : Signatures of selection reveal cancer genes across multiple tumor types. Universitat Pompeu Fabra; 2016. handle: http://hdl.handle.net/10803/456685

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Doctoral program

Programa de doctorat en Biomedicina

Abstract

Tumors are composed of fast-growing cells that become malignant under selection of biological functions needed for cancer development. In this thesis, I intend to uncover the basic evolutionary principles underlying cancer etiology. The first part constitutes a longitudinal analysis of a single CLL case, which tumor heterogeneity and clonal evolution were revealed by sequencing. The second explores the signatures of positive selection of somatic mutations allowing the identification of driver genes. The last part is an attempt to uncover the essential functions of the cancer cell using signals of purifying selection. Altogether, we have identified a landscape of cancer-related genes that can be used for improving current cancer treatments.
El tumor esta compuesto de células que crecen indiscriminadamente, bajo la lupa de selección natural. En esta tesis hemos intentado reconstruir los principios básicos de la evolución del cáncer, como estos describen la adquisición de mutaciones que inician la malignidad tumoral. El primer trabajo es un anaálisis genómico de un paciente con leucemia. El Segundo explora la heterogeneidad intratumoral para identificar genes drivers del cáncer. Y el último trabajo se enfoca en desenmascarar las señales de selección negativa. Nuestros resultados de estos tres trabajos constituyen una fuente de nuevos genes que pueden ser explorados como dianas terapéuticas del cáncer.

Keywords

Cancer evolution, Tumor heterogeneity, Positive selection, Purifying selection, Chronic lymphocytic leukemia, Bayesian inference, Chromatic modification, Next generation sequencing, Population genomics, Chromothripis, Evolució del cáncer, Heterogeneïtat tumoral, Selecció positiva, Ñeucèmia limfàtica crònica, Inferència bayesiana, Modificació cromàtica, Genòmica de poblacions