Prediction of protein and nucleic acid interactions

Cirillo, Davide

Prediction of protein and nucleic acid interactions

Document Type

Doctoral thesis
Published Version

Author

Cirillo, Davide

Director

Tartaglia, Gian Gaetano

Publication Date

2016-05-09

Pages

171 p.

Citation

Cirillo, D. Prediction of protein and nucleic acid interactions. Universitat Pompeu Fabra; 2016. handle: http://hdl.handle.net/10803/403537

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Doctoral program

Programa de doctorat en Biomedicina

Abstract

The purpose of my doctoral studies has been the development of bioinformatics methods to quantitatively evaluate associations between proteins and nucleic acids (NAs). This thesis aims at providing insights into molecular features and still relatively unknown mechanisms of protein-NAs associations, such as RNA-binding proteins and long noncoding RNAs as well as transcription factors and regulatory DNA elements. In this work, I present two algorithms, catRAPID omics express and PAnDA, for the prediction of RNA- and DNA-protein interaction respectively. Those computational methods offer the possibility to address experimental problems and guide new approaches largely facilitating experimental design and procedures
Mis estudios de doctorado han tenido como propósito principal el desarrollo de herramientas bioinformáticas para la evaluación de interacciones entre proteínas y ácidos nucleicos (ANs) de forma cuantitativa. Por consiguiente, esta tesis apunta a proporcionar conocimientos sobre características moleculares y mecanismos de asociación proteína-AN aún relativamente desconocidos; concretamente, la asociación de proteínas a ARNs y ARNs no codificantes, a la vez que factores de transcripción y elementos de regulación del ADN. En este proyecto presento dos algoritmos: catRAPIDomics express y PAnDA, cuyas finalidades son las de predecir interacciones proteína-ARN y proteína-ADN respectivamente. Dichos métodos computacionales ofrecen la posibilidad de abordar problemas experimentales, así como de guiar el diseño y procedimiento de nuevas estrategias para su resolución.

Keywords

DNA-binding proteins, RNA-binding proteins, Neurodegenerative diseases, Protein-protein interacion networks, Interacciones entre proteínas y ácidos nucleicos, Proteínas que se unen a ADN, Proteínas que se unen a ARN, Enfermedades neurodegenerativas, Red de interacción proteína-proteína, Protein-nucleic acid interactions