Influencia de la cromatina en el lugar de integración sobre la actividad del promotor del virus de la immunodeficiencia humana y el establecimiento de la latencia viral

Gallastegui Calvache, Edurne

Influencia de la cromatina en el lugar de integración sobre la actividad del promotor del virus de la immunodeficiencia humana y el establecimiento de la latencia viral

Document Type

Doctoral thesis
Published Version

Author

Gallastegui Calvache, Edurne

Director

Jordan Vallès, Albert

Publication Date

2010-06-18

Pages

305 p.

Citation

Gallastegui Calvache, E. Influencia de la cromatina en el lugar de integración sobre la actividad del promotor del virus de la immunodeficiencia humana y el establecimiento de la latencia viral. Universitat Pompeu Fabra; 2010. handle: http://hdl.handle.net/10803/22683

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Doctoral program

Programa de doctorat en Biomedicina

Abstract

El establecimiento de un reservorio latente del virus del HIV en células T CD4+ es la mayor barrera contra la erradicación de esta enfermedad. Para lograr su erradicación, se necesitaría combinar la terapia antirretroviral HAART con drogas capaces de reactivar los virus durmientes. El objetivo principal de este estudio es entender cómo se establece la latencia tras la integración del virus en el genoma, con el propósito de identificar factores involucrados que pudieran ser dianas de una nueva terapia. Hemos generado una librería de clones que contienen un minigenoma latente del virus que expresa GFP como reportero cuando se reactiva. Esta librería permite estudiar la posible relación existente entre estado de la cromatina en el lugar de integración y actividad del promotor. También hemos estudiado la implicación de la interferencia transcripcional en el establecimiento de la latencia en los clones cuya integración del HIV ha tenido lugar en genes transcripcionalmente activos. Para investigar el mecanismo de represión durante la latencia, se han llevado a cabo depleciones de factores relacionados con el reensamblaje de la cromatina y proteínas relacionadas con represión transcripcional. Finalmente, hemos buscado drogas que puedan reactivar el virus latente como posible terapia a combinar con la terapia antiretroviral.
The establishment of a latent HIV reservoir in CD4+ T cells is the main barrier to prevent the eradication of the virus and converts its infection in a chronic disease. To achieve its eradication, it would be needed to combine HAART with drugs able to reactivate the dormant viruses. The main objective of this study is to understand how latency is established after proviral integration into the genome, with the aim of identifying factors involved that could be targeted by new therapeutic approaches. We have generated a library of clones containing a latent HIV minigenome that expresses GFP as a reporter only when reactivated. This library allows the study of the relationship between the chromatin state at the site of integration and HIV promoter activity. We have also studied the implication of transcriptional interference in the establishment of latency in those clones where HIV has integrated in transcriptionally active genes. To further investigate the mechanism of transcriptional repression in latency we have performed knockdowns of known chromatin reassembly factors and repression-related proteins by using shRNA expression. Finally we have searched drugs that can reactivate the latent HIV as a possible therapy to combine with HAART.

Keywords

HIV, AIDS, Gene expression, Transcriptional interference, Promoter, Terapia antirretroviral, SIDA, Reensamblaje de la cromatina, Terapia antirretroviral, Heterocromatina