Duplicacions segmentàries a la regió cromosòmica humana 8P23.1: evolució i expansió d'una nova família gènica
Loading...
Document Type
Document Version
Author
Director
Armengol i Dulcet, Lluís
Estivill, Xavier
Estivill, Xavier
Tutor
Other authors
Publication Date
Pages
Embargo date
Citation
Bosch Pages, N. Duplicacions segmentàries a la regió cromosòmica humana 8P23.1: evolució i expansió d'una nova família gènica. Universitat Pompeu Fabra; 2008. handle: http://hdl.handle.net/10803/7131
This citation was generated automatically.
Citation
Doctoral program
Programa de doctorat en Biomedicina
Abstract
Les duplicacions segmentàries (DSs), o també anomenades duplicons o Low copy Repeats (LCRs), són regions de coma mínim 1 kb amb un alt nivell d'identitat (>90%), que estan presents almenys dues vegades en el genoma. La regió 8p23.1 consta de 6.5 Mb a la part distal del braç curt del cromosoma 8 i està flanquejada per duplicacions segmentàries. Degut a la seva arquitectura genòmica aquesta regió és susceptible a patir reordenaments mediats per recombinació homòloga no al·lèlica entre les DSs, com per exemple la inversió polimòrfica de 8p23.1 [inv(8)(p23)], present en un de cada quatre individus de la població general europea i japonesa, així com d'altres reorganitzacions menys corrents.<br/>El treball realitzat en aquesta tesi doctoral pretén aprofundir en la caracterització de la complexa arquitectura genòmica d'aquesta regió. En la nostra primera aproximació a l'estudi de les DSs que flanquegen la regió cromosòmica 8p23.1, es va identificar una nova família gènica específica de primats, la família gènica FAM90A.Així, bona part d'aquesta tesi doctoral està centrada en l'anàlisi de l'origen, formació, evolució i expansió de FAM90A en els homínids.<br/> <br/>Per altra banda també s'ha analitzant en detall la variabilitat de FAM90A com a variant en número de còpia (CNV) en diferents poblacions humanes.<br/>Finalment, s'ha establert la freqüència de la inversió que afecta a 8p23.1 en població espanyola. També s'ha procedit a genotipar diversos individus homozigots per la inversió i s'ha predit l' estatus de la inversió en 150 individus del projecte HapMap i s'ha analitzat l'efecte que té aquesta reorganització sobre els nivells d'expressió dels gens de la regió.
Segmental duplications (SDs), also known as duplicons or Low Copy Repeats (LCRs), are regions of a minimum of 1 kb with a high sequence identity level (>90%), which are present at least two times in the genome. The 8p23.1 region extends 6.5 Mb at the distal part of the short arm of chromosome 8 and it is flanked by segmental duplications. Due to its genomic architecture the region is prone to suffer rearrangements mediated by non-allelic homologous recombination between these SDs, such as the polymorphic inversion of 8p23.1 [inv(8)(p23)], which is present in one out of every four of European and Japanese general population individuals, as well as other less frequent rearrangements.<br/>The aim of the work presented in this doctoral thesis is to get insights in the characterization of the genomic architecture of this complex region. Our first approach to study the SDs flanking 8p23.1 region resulted in the identification of a novel gene family which is primate specific, the FAM90A gene family. Thus, this doctoral thesis is mainly focused on the analysis of the origins, formation, evolution and expansion of FAM90A in hominoids.<br/> <br/>It has also been analyzed in detail the variability of FAM90A as a copy number variant (CNV) in different human populations.<br/>Finally, it has been established the frequency of the inversion affecting 8p23.1 region in the Spanish population. Several homozygous inverted individuals have been genotyped and the status for the inversion has been predicted for 150 HapMap individuals, as well as the effect of this rearrangement on the gene expression levels of the genes contained in the region.
Segmental duplications (SDs), also known as duplicons or Low Copy Repeats (LCRs), are regions of a minimum of 1 kb with a high sequence identity level (>90%), which are present at least two times in the genome. The 8p23.1 region extends 6.5 Mb at the distal part of the short arm of chromosome 8 and it is flanked by segmental duplications. Due to its genomic architecture the region is prone to suffer rearrangements mediated by non-allelic homologous recombination between these SDs, such as the polymorphic inversion of 8p23.1 [inv(8)(p23)], which is present in one out of every four of European and Japanese general population individuals, as well as other less frequent rearrangements.<br/>The aim of the work presented in this doctoral thesis is to get insights in the characterization of the genomic architecture of this complex region. Our first approach to study the SDs flanking 8p23.1 region resulted in the identification of a novel gene family which is primate specific, the FAM90A gene family. Thus, this doctoral thesis is mainly focused on the analysis of the origins, formation, evolution and expansion of FAM90A in hominoids.<br/> <br/>It has also been analyzed in detail the variability of FAM90A as a copy number variant (CNV) in different human populations.<br/>Finally, it has been established the frequency of the inversion affecting 8p23.1 region in the Spanish population. Several homozygous inverted individuals have been genotyped and the status for the inversion has been predicted for 150 HapMap individuals, as well as the effect of this rearrangement on the gene expression levels of the genes contained in the region.
Keywords
NAHR, Chromosomal rearrangements, 8p23.1, Defensins, Correlation, Gene fusion, Gene expansion, Mosaicism, Inversions, Primates, Structural variant, Copy number variant or CNV, Gene family, FAM90A, Segmental duplicactions, Illumina, SNPassoc, WGS, Real time- PCR, FISH, Ka/Ks, Polimorfisme, Trastorn genòmic, NAHR, Reordenaments cromosòmics, 8p23.1, Defensines, Correlació, Fusió gènica, Expansió gènica, Mosaicisme, Inversions, Primats, Variant estructural, Variant en número de còpia o CNV, Família gènica, FAM90A, Duplicacions segmentàries, Genomic disorder, Polymorphism, Ka/Ks, FISH, Real time PCR, WGS, SNPassoc, Illumina
Subjects
575 - General genetics. General cytogenetics. Immunogenetics. Evolution. Phylogeny
Publisher
Universitat Pompeu Fabra
