Three Dimensional Simulitary of Molecules with biological interest on the basis of molecular interaction potentials

Barbany Puig, Montserrat

Three Dimensional Simulitary of Molecules with biological interest on the basis of molecular interaction potentials

Document Type

Doctoral thesis
Published Version

Author

Barbany Puig, Montserrat

Director

Villà i Freixa, Jordi
Sanz, Ferran

Publication Date

2006-10-02

Citation

Barbany Puig, M. Three Dimensional Simulitary of Molecules with biological interest on the basis of molecular interaction potentials. Universitat Pompeu Fabra; 2006. handle: http://hdl.handle.net/10803/7146

This citation was generated automatically.

Doctoral program

Programa de doctorat en Biomedicina

Abstract

Una de les àrees més prometedores en recerca biomèdica i farmacèutica és el disseny molecular computacional, que intenta establir relacions entre propietats físico-químiques i activitat biològica. L'èxit d'aquestes tècniques depen críticament de la qualitat de la descripció molecular. En aquest sentit, metodologies basades en potencials d'interacció molecular (MIP) són eines útils per la comparació de compostos que presenten comportaments biològics semblants. Aquest projecte desenvolupa eines per comparar molècules basades en la caracterització de llurs MIPs. El programa de similaritat molecular MIPsim ha estat desenvolupat i aplicat a diferents problemes biològics. Aquesta tesi consisteix en quatre estudis científics que mostren l'ús del MIPSim en aliniament molecular, catalisi enzimàtica, en acoratge de molècules dins el lligand i en estudis 3D-QSAR.
One of the most promising areas in biomedical and pharmaceutical research is computer assisted molecular design, which tries to stablish relationships between physicochemical properties and biological activity. The success of these techniques depends critically on the quality of the molecular description. In this sense, methodologies based on molecular interaction potentials (MIP) are useful tools for the comparison of compounds displaying related biological behaviours. This project aims to develop tools to compare 'molecules based on the characterization 'of their MIPs. To this end, the molecular similarity program MIPSim has been further developed and applied to different biological problems. This thesis consists on four scientific studies showing the use of MIPSim for molecular alignment, enzymatic catalysis, ligand-protein docking and 3D-QSAR analyses.

Keywords

molecular similarity, molecular alignment, molecular electrostatic potentials, molecular interaction potentials, anticossos catalítics, acoratge molecular, aliniament molecular, relacions estructura-activitat, similaritat molecular, potencials electrostàtics moleculars, structure-activity relationships, potencials d'interacció molecular, molecular docking, catalytic antibodies