"The Clever machine"- a computational tool for dataset exploration and prediction

Klus, Petr

"The Clever machine"- a computational tool for dataset exploration and prediction

Document Type

Doctoral thesis
Published Version

Author

Klus, Petr

Director

Tartaglia, Gian Gaetano

Publication Date

2016-07-12

Pages

83 p.

Citation

Klus, P. "The Clever machine"- a computational tool for dataset exploration and prediction. Universitat Pompeu Fabra; 2016. handle: http://hdl.handle.net/10803/482051

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Doctoral program

Programa de doctorat en Biomedicina

Abstract

The purpose of my doctoral studies was to develop an algorithm for large-scale analysis of protein sets. This thesis outlines the methodology and technical work performed as well as relevant biological cases involved in creation of the core algorithm, the cleverMachine (CM), and its extensions multiCleverMachine (mCM) and cleverGO. The CM and mCM provide characterisation and classification of protein groups based on physico-chemical features, along with protein abundance and Gene Ontology annotation information, to perform an accurate data exploration. My method provides both computational and experimental scientists with a comprehensive, easy to use interface for high-throughput protein sequence screening and classification.
El propósito de mis estudios doctorales era desarrollar un algoritmo para el análisis a gran escala de conjuntos de datos de proteínas. Esta tesis describe la metodología, el trabajo técnico desarrollado y los casos biológicos envueltos en la creación del algoritmo principal –el cleverMachine (CM) y sus extensiones multiCleverMachine (mCM) y cleverGO. El CM y mCM permiten la caracterización y clasificación de grupos de proteínas basados en características físico-químicas, junto con la abundancia de proteínas y la anotación de ontología de genes, para así elaborar una exploración de datos correcta. Mi método está compuesto por científicos tanto computacionales como experimentales con una interfaz amplia, fácil de usar para un monitoreo y clasificación de secuencia de proteínas de alto rendimiento.

Keywords

Physico-chemical features, Protein classification, Gene ontology, High-throughput analysis, Características físico-químicas, Clasificación de proteínas, La ontología de genes, Análisis de alto rendimiento