Genetic variation in humans and chimpanzees in the prion protein gene

Soldevila Trepat, Marta

Genetic variation in humans and chimpanzees in the prion protein gene

Document Type

Doctoral thesis
Published Version

Author

Soldevila Trepat, Marta

Director

Bertranpetit, Jaume

Publication Date

2005-06-20

Citation

Soldevila Trepat, M. Genetic variation in humans and chimpanzees in the prion protein gene. Universitat Pompeu Fabra; 2005. handle: http://hdl.handle.net/10803/7189

This citation was generated automatically.

Doctoral program

Programa de doctorat en Biomedicina

Abstract

En el gen de la proteïna priònica, o PRNP, hem observat que el particular patró de variació que hem trobat basant-nos en dades de seqüenciació en humans es deu a selecció positiva, i que el mètode utilitzat per detectar selecció és crític. Utilitzant dades basades en SNPs es pot introduir un biaix al aplicar tests de neutralitat basats en diversitat de seqüències, i això pot portar a conclusions errònies. A més, hem vist que els polimorfismes en els codons 129 i 219 presenten gran diferències de freqüència en diferents poblacions humanes i també hem vist que aquestes posicions estan fixades en ximpanzés. La variació trobada en controls ha estat comparada amb el patró de variació existent en pacients per la mateixa regió. La reseqüenciació del gen PRNP en un gran nombre de mostres humanes i de ximpanzés ens ha permès obtenir un gran nombre d´informació d´aquest gen.
In the prion gene or PRNP, we have observed that the particular pattern of variation that we have found in this gene based on sequencing data in humans is due to positive selection, and that the method and the approach used to detect this selection critical. Ascertainment bias can be introduced by using SNP data and applying neutrality tests based on sequence diversity, therefore leading to anomalous conclusions being drawn. Moreover, we have seen that polymorphisms in codon 129 and 219 have big differences in frequency in different human populations and we have also seen that these positions are fixed in chimpanzees. The normal variation that we found in controls have been then compared with patients for the same region. The resequencing of PRNP in a very large sample of humans and chimpanzees has provided a great deal of information on this gene.

Keywords

primats, ximpanzé, Creutzfeldt-Jakob, Insomni Fatal familiar, BSE, malalties priòniques, selecció balancejadora, selecció positiva, selecció, seqüència, haplotip, canibalisme, CJD, 129, prió, PRNP, primates, chimpanzee, Fatal familial insomnia, Creutzfeldt-Jakob, prion diseases, BSE, balancing selection, positive selection, selection, sequence, haplotypes, cannibalism, CJD, 129, PRNP, prion