Gene expression regulation in fission yeast : from splicing to MBF-dependent transcription

Borao Arriazu, Sonia

Gene expression regulation in fission yeast : from splicing to MBF-dependent transcription

Document Type

Doctoral thesis
Published Version

Author

Borao Arriazu, Sonia

Director

Ayté del Olmo, José
Hümmer, Stefan

Publication Date

2022-07-22

Pages

188 p.

Citation

Borao Arriazu, S. Gene expression regulation in fission yeast : from splicing to MBF-dependent transcription. Universitat Pompeu Fabra; 2022. handle: http://hdl.handle.net/10803/674990

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Doctoral program

Programa de doctorat en Biomedicina

Abstract

Schizosaccharomyces pombe initiates sexual development under nitrogen starvation, changing the transcription patterns of many genes to allow sexual differentiation. MBF transcription factor recognize specific sequences present in genes required for mitotic and meiotic S phase and activates their transcription through binding to their promoters. Genes involved in recombination (rec genes) are also activated by MBF, but in a different and independent wave of transcription. Res2 plays an important role in the transcription of this new wave, as higher levels of this protein are required to initiate recombination. Another form of gene expression regulation takes place through splicing. Spliceosome is in charge of these transesterification reactions and requires a correct recognition of intron-exon boundaries to achieve proper splicing efficiency. Auxiliary factors are essential for a correct splicing of introns with degenerated sequences, as Prp2, being the last nucleotide of the upstream exon what determines the dependency of an intron on Prp2.
Schizosaccharomyces pombe inicia el proceso de meiosis bajo la restricción de nutrientes, cambiando los patrones de transcripción de muchos genes. El factor de transcripción MBF reconoce secuencias específicas presentes en genes necesarios para la fase de replicación del DNA mitótica y meiótica, y activa su transcripción a través de la unión a sus promotores. Los genes encargados de la recombinación meiótica también son activados por MBF, pero en una ola de transcripción diferente e independiente a la de la fase de replicación. Res2 juega un papel importante en la transcripción de esta nueva ola, puesto que se requieren niveles altos de esta proteína para iniciar la recombinación. Otra forma de regulación de la expresión génica tiene lugar a través del splicing. Una adecuada definición de los bordes intrón-exón es necesaria para que el espliceosoma se forme correctamente. Los factores de splicing tienen un papel fundamental en el reconocimiento de los sitios de splicing con secuencias no-consenso, como Prp2, siendo el último nucleótido del exón upstream lo que determina la dependencia de Prp2 de un determinado intrón.