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Alchemical-PELE: alchemical simulations tool for the calculation of relative binding energies between ligands

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dc.contributor.author Borge, Miguel
dc.date.accessioned 2024-04-24T11:37:40Z
dc.date.available 2024-04-24T11:37:40Z
dc.date.issued 2023-06-21
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/59894
dc.description Treball de fi de grau en Bioinformàtica. Curs 2022-2023
dc.description Tutor: Martí Municoy
dc.description.abstract Alchemical-PELE, un programari per al descobriment de fàrmacs, utilitza simulacions de Monte Carlo per superar els reptes dels càlculs precísos d'energia lliure d'unió en complexos proteïnes-lligands. Explora eficaçment l'espai conformacional i calcula energies lliures d'unió relatives entre lligands, ajudant a la identificació de possibles candidats a fàrmacs. El mètode es va provar en dos sistemes de proteïnes, MCL1 i Tyk2. Tot i que va mostrar una correlació prometedora amb les dades experimentals a MCL1, el sistema Tyk2 va destacar errors que afecten la classificació de lligands, cosa que indica la necessitat de millores futures del mètode.
dc.description.abstract Alchemical-PELE, un software para el descubrimiento de fármacos, utiliza simulaciones de Monte Carlo para superar los desafíos de los cálculos precisos de energía libre de unión en complejos proteína-ligando. Explora eficientemente el espacio conformacional y calcula energías libres de unión relativas entre ligandos, ayudando en la identificación de posibles candidatos a fármacos. El método fue probado en dos sistemas de proteínas, MCL1 y Tyk2. Aunque mostró una correlación prometedora con los datos experimentales en MCL1, el sistema Tyk2 reveló errores que afectan la clasificación de los ligandos, lo que indica la necesidad de mejoras futuras del método.
dc.description.abstract Alchemical-PELE, a software for drug discovery, uses Monte Carlo simulations to overcome challenges in precise binding free energy calculations in protein-ligand complexes. It effectively explores conformational space and calculates relative binding free energies between ligands, aiding the identification of potential drug candidates. The method was tested on two protein systems, MCL1 and Tyk2. While it showed promising correlation with experimental data in MCL1, the Tyk2 system highlighted errors impacting ligand ranking, indicating the need for future method enhancements.
dc.format.mimetype application/pdf
dc.language.iso eng
dc.rights This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 license
dc.rights.uri http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/
dc.subject.other Treball de fi de grau – Curs 2022-2023
dc.title Alchemical-PELE: alchemical simulations tool for the calculation of relative binding energies between ligands
dc.type info:eu-repo/semantics/bachelorThesis
dc.subject.keyword Transformacions alquímiques
dc.subject.keyword Simulacions de Montecarlo
dc.subject.keyword Descobriment de medicament
dc.subject.keyword Química computacional
dc.subject.keyword Càlculs d'energia lliure
dc.subject.keyword Complexos proteïna-lligant
dc.subject.keyword Energies lliures d'enllaç relatives
dc.subject.keyword Transformaciones alquímicas
dc.subject.keyword Simulaciones de Montecarlo
dc.subject.keyword Descubrimiento de medicamento
dc.subject.keyword Química computacional
dc.subject.keyword Cálculos de energía libre
dc.subject.keyword Complejos proteína-ligando
dc.subject.keyword Energías libres de enlace relativas
dc.subject.keyword Alchemical transformations
dc.subject.keyword Monte Carlo simulations
dc.subject.keyword Drug discovery
dc.subject.keyword Computational chemistry
dc.subject.keyword Free energy calculations
dc.subject.keyword Protein-ligand complexes
dc.subject.keyword Relative binding free energies
dc.rights.accessRights info:eu-repo/semantics/openAccess

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