Cells of our body are constantly exposed to events that can create lesions in the
DNA. If unremoved by the DNA repair mechanisms, the lesion may lead to a
mutational event. Some of these events might drive the transformation of a healthy
cell to a malignant one. This thesis focuses on understanding the generation of
mutations and their positive selection in somatic tissues. First, we study the coding
and noncoding driver landscape of more than 2500 patients. We also attempt to
distinguish driver ...
Cells of our body are constantly exposed to events that can create lesions in the
DNA. If unremoved by the DNA repair mechanisms, the lesion may lead to a
mutational event. Some of these events might drive the transformation of a healthy
cell to a malignant one. This thesis focuses on understanding the generation of
mutations and their positive selection in somatic tissues. First, we study the coding
and noncoding driver landscape of more than 2500 patients. We also attempt to
distinguish driver and passenger mutations in driver genes, and link them to
mutational processes. We then study the mutations related to chemotherapies in
both tumoral and healthy cells, as well as the effects of treatment in clonal
hematopoiesis (CH). We also perform a systematic discovery of CH driver genes.
Lastly, we study the interplay of DNA damage and repair in nucleosome-bound DNA,
uncovering a 10bp periodic mutation rate which might have influenced the genome
composition in eukarya.
+
Les cèl·lules del nostre cos estan constantment exposades a esdeveniments que
poden lesionar l’ADN. Si aquestes lesions no són eliminades pels mecanismes de
reparació, poden causar mutacions. Alguns d’aquests podrien ajudar a transformar
una cèl·lula sana en una maligna. Aquesta tesi doctoral té com objectiu estudiar la
generació de les mutacions i com són seleccionades positivament als teixits
somàtics. Primer, estudiem el panorama de drivers en zones codificant i no
codificant en més de 2500 pacients. ...
Les cèl·lules del nostre cos estan constantment exposades a esdeveniments que
poden lesionar l’ADN. Si aquestes lesions no són eliminades pels mecanismes de
reparació, poden causar mutacions. Alguns d’aquests podrien ajudar a transformar
una cèl·lula sana en una maligna. Aquesta tesi doctoral té com objectiu estudiar la
generació de les mutacions i com són seleccionades positivament als teixits
somàtics. Primer, estudiem el panorama de drivers en zones codificant i no
codificant en més de 2500 pacients. També intentem distingir quines mutacions són
driver de les passenger, i les relacionem amb els processos mutacionals. Després
estudiem les mutacions relacionades amb la quimioteràpia en cèl·lules sanes i
tumorals, i també l’efecte que tenen a la hematopoesi clonal. D’aquest últim
fenomen en descobrim els gens drivers. Per últim, estudiem la relació entre el dany
a l’ADN i els mecanismes de reparació quan la molècula s’empaqueta en
nucleosomes. Aquesta relació deixa una periodicitat de 10 parells de bases que pot
haver influenciat la composició del genoma dels eucariotes.
+
Programa de doctorat en Biomedicina