• A Bayesian non parametric integration approach for functional regulatory network inference in hematopoietic development from multiomics data

  Alcalà Plazas, Laia C. (2023-06-21)

  Hem desenvolupat un model no paramètric bayesià anomenat Monet (Multi-Omics NETwork inference) per inferir la interacció de la xarxa gen-TF i la força de l'activitat dels TF sense conèixer a priori el número de TF participants ...
• Single-cell analysis of plexiform neurofibromas: heterogeneity and tumor cell-of-origin

  Pericot Masdevall, Pere (2022-06-21)

  La neurofibromatosi tipus 1 (NF1) és un trastorn genètic que predisposa les persones afectades al desenvolupament de tumors al sistema nerviós perifèric, com els neurofibromes plexiformes (pNF). Amb les tecnologies genòmiques ...
• A computational tool to predict T cell tumor reactivity from single-cell transcriptomics data

  Changsheng, Li (2022-06-21)

  Hem desenvolupat "TCRanker", una eina computacional que pren com a entrada dades de seqüenciació d'ARN d'una sola cèl·lula (scRNA-seq) combinades amb dades de seqüenciació de TCR d'una sola cèl·lula (scTCR-seq) i classifica ...
• Integrative analysis of single-cell and spatial transcriptomics characterizes the tumor microenvironment in HGSOC patients

  Cervilla García, Sergi (2022-06-21)

  El microambient tumoral té un rol clau en la iniciació i progressió del càncer d’ovari serós d’alt grau. Per aquesta raó, la seva caracterització podria incrementar el nostre coneixement de la malaltia i el desenvolupament ...
• Predicting the template sequence used in CRISPR experiments

  Escobosa Olmo, Marc (2022-06-15)

  He participat en el desenvolupament de la eina CRISPR-A, el primer mètode basat en NGS per la avaluació de la edició genètica, i he creat tres models “Boscos aleatoris”, cadascun d’ells especialitzat en la predicció de les ...
• Machine learning on gut microbiome reveals potential biomarkers for Parkinson’s diagnosis

  Roda Sánchez, Xènia (2022-06-21)

  Anàlisi del microbioma intestinal amb tècniques d’Intel·ligència Artificial per tal de descobrir biomarcadors de la malaltia de Parkinson a través de diferències entre el microbioma intestinal de subjectes controls i ...
• Prediction of ADMET properties with machine learning: a trustworthy and explainable approach

  Tariq, Zinnera (2022-06-21)

  Els problemes d'eficàcia i seguretat relacionats amb les qualitats d'absorció, distribució, metabolisme, excreció (ADME) i toxicitats diferents (T) són causes importants de falles en el desenvolupament de fàrmacs. Per ...
• Optimization of alignment preprocessing used as input on a residual neural network for substitution model selection

  Vega Méndez, Antón (2022-06-21)

  Quan es realitza la reconstrucció d'un arbre filogenètic, sovint veiem que l'ús d'un model incorrecte d'evolució pot produir un arbre mal modelat, i l'ús dels mètodes utilitzats comunament per fer-ho pot ser computacionalment ...
• From FASTQ to neoantigens: an integrative computational tool

  Serra Roig, Laura (2021)

  Els avenços en tecnologies de seqüenciació de nova generació han accelerat la detecció de mutacions somàtiques a les cèl·lules cancerígenes. Falta una eina de bioinformàtica per predir els neoantígens. L’objectiu d’aquesta ...
• Strain detection and genetic diversity in Mediterranean marine microbial populations

  Rodríguez Llana, Sergio (2021)

  Les poblacions microbianes marines exerceixen un paper fonamental en l’ecologia dels mars. El potencial adaptatiu d’aquestes espècies és essencial per comprendre l’evolució de les seves poblacions a través de l’espai i el ...
• Combination of fragment growing and feed forward fragment searches for lead optimization campaigns

  Martín Hernández, Helena (2021)

  Desenvolupament d'un algoritme basat en la similitud entre molècules i l'anàlisi de compostos per identificar molècules principals pel procés de desenvolupament de medicaments. El mètode està combinat amb simulacions de ...
• A comprehensive map of predicted enhancers on a large panel of human primary cells, cell lines and tissues

  López Ruiz de Vargas, Sara (2021)

  We applied an enhancer prediction method to an extensive set of epigenetic profiles from the ENCODE project. We identified enhancer elements in 104 human primary cells, cell lines, and tissues. This extensive generation ...
• Estimation of the synaptic input under a single cell model

  Hajimoradkhani, Mohammad Mahdi (2021)

  In this project, a series of simulations are prepared using the Morris-Lecar model, and a set of mathematical theories and transformations are applied which lead to the result that a neuronal dynamical system’s electrical ...
• Application and development of a CNN model to optimize an OligoFISSEQ image obtention pipeline

  Martí Aranda, Aina (2021)

  En aquest projecte s’ha explorat l’aplicació d’una intel·ligència artificial al procés d’obtenció d’imatges d’OligoFISSEQ per tal de classificar-les segons la seva qualitat. S’han desenvolupat i provat diferents processos ...
• Strategy for accurate CNV detection and ML algorithm for classifying NGS variants

  Malagón Márquez, Alba (2021)

  Aquest projecte pretén millorar l'eficiència de la interpretació de variants NGS, ja que és un procés manual no escalable que requereix molt de temps. En primer lloc, s’ha millorat l'especificitat detectant les CNV, reduint ...
• VisualMethyl: a shiny web application for interactive DNA methylation analysis and visualization

  Fernández Rebollo, Irene (2021)

  El procés d’anàlisi de la metilació de l'ADN requereix l'ús d'eines que impliquen habilitats de programació; per això, és necessari crear aplicacions que produeixin resultats d'una manera senzilla i interactiva que permeti ...
• Genetic diversity límits of a marine microbiome

  Gozalo Miranda, Sergio (2021-11-16)

  L’objectiu d’aquest projecte és trobar els límits de diversitat genètica d’un microbioma marí, per assolir l’objectiu utilitzarem un total de 50 metagenomes obtinguts del mateix microbioma. El tema principal s’estudiarà ...
• Finding leads in billion-sized chemical collections

  Cabello Blanque, Adrià (2021)

  Hem desenvolupat un seguit d’eines computacionals per veure com el cribratge virtual és dut a terme, habilitant una eficient exploració amb alta qualitat d’aquestes grans col·leccions químiques de compostos. Primer realitzem ...
• Searching for new genes in bipolar disorder sub-types through gene-based analysis approach

  Brugada Iglesias, Aleix Ramon (2021)

  El trastorn bipolar, abans anomenat depressió maníaca, és una condició de salut mental caracteritzada per canvis d’humor extrems que poden anar des de màxims extrems (mania) fins a mínims extrems (depressió). L’objectiu ...
• Structure based MSA evaluation

  López Elorduy, Carlos (2020)

  Aquest projecte es centra en la necessitat de desenvolupar un mètode per definir la precisió d’un Alineament Múltiple de Seqüències mitjançant l’assignació d’un valor de precisió a cada una de les seqüències que constitueixen ...

View more