• Sequence-based deep learning techniques for protein-protein interaction prediction

  Valverde Sanchez, Clàudia (2023-06-21)

  Les interaccions Proteïna-Proteïna (PPIs) són fonamentals per comprendre malalties i descobrir medicaments. La identificació experimental de les PPIs és limitada, per la qual cosa s’utilitzen mètodes computacionals. Aquest ...
• Characterization of inter/intra-individual and inter-tissue genetic variation in human ribosomal DNA genes

  Shah, Aisha (2023-06-21)

  El ribosoma és crucial per a la síntesi de proteïnes i les variants genètiques dels gens ribosomals poden causar diverses malalties. L'anàlisi dels gens ribosomals ha estat un repte a causa de la seva ubicació en regions ...
• Generating novel proteins with biological constraints using deep conditional language modeling

  Serrano Aranda, Yaiza (2023-06-21)

  Els avanços en intel·ligència artificial i aprenentatge profund han revolucionat la recerca en proteïnes. Models de llenguatge analitzen dades de seqüències de proteïnes, revelant patrons complexos. En aquest projecte ...
• Comparative genomics on bacterivorous marine heterotrophic flagellates

  Segura Retana, Pol (2023-06-21)

  El projecte consisteix a construir un assemblatge de novo del genoma de quatre espècies de flagel·lats heteròtrofs, després realitzar una predicció genètica sobre els genomes construïts, seguit d'un anàlisi funcional de ...
• Comparative analysis of piRNA precursor annotation across different primates

  Salas Zamora, Júlia (2023-06-20)

  L’objectiu del projecte és realitzar un anàlisi comparativa de les seqüències de piRNA extretes de teixits testiculars de diferents espècies de primats. A través d’aquest anàlisi esperem obtenir una visió de la conducta ...
• Development of a program for complex-ligand system setup in molecular dynamics simulations with binding pose metadynamics integration

  Martín López, Eva (2023-06-21)

  En aquest estudi presentem un nou paquet de Python que automatitza la preparació de sistemes proteïna-ligand per a simulacions de Dinàmica Molecular (DM), assegurant la reproducibilitat dels resultats en minimitzar la ...
• Use of metagenomic data for the improvement of single-cell amplified genomes (SAGs) from marine pico-eukaryote flagellates

  Marimon Fernández, Guillem (2023-06-21)

  SAGs seqüenciats amb Illumina pateixen diverses limitacions. Millorar la precisió i la profunditat de la informació obtinguda dels SAGs permetrà avançar en la comprensió de les comunitats microbiològiques en entorns diversos. ...
• Benchmarking & evaluating single-cell gene-enhancer regulatory networks

  Deuner Cos, Gerard (2023-06-21)

  El projecte consisteix en fer una anàlisi comparativa de GRaNIE, un mètode d’inferència de xarxes de regulació gènica incloent enhancers a partir de bulk RNA-seq i ATAC-seq data, al nivell single-cell. Proposem una manera ...
• Alchemical-PELE: alchemical simulations tool for the calculation of relative binding energies between ligands

  Borge, Miguel (2023-06-21)

  Alchemical-PELE, un programari per al descobriment de fàrmacs, utilitza simulacions de Monte Carlo per superar els reptes dels càlculs precísos d'energia lliure d'unió en complexos proteïnes-lligands. Explora eficaçment ...
• Data-driven investigation of collective cortical dynamics underlying associative learning

  Aviñó Martinez, Dante (2023-06-21)

  Entendre la formació de la memòria requereix analitzar la dinàmica cortical col·lectiva. Els investigadors van utilitzar mètodes estadístics i aprenentatge automàtic per estudiar aquestes dinàmiques en ratolins que aprenen ...
• Proteomic signatures associated with the body composition at baseline and after five years of follow-up in an adult population

  Artero Martínez, Cristina (2023-06-21)

  L'obesitat i el sobrepès són acumulacions anormals de greix que poden perjudicar la salut. Aquest estudi pretenia caracteritzar perfils proteòmics del plasma sanguini associats amb la composició basal i canvis en la ...
• Unraveling macrophage metabolic phenotypes in cytokine storms: a systems biology perspective

  Aleixandre García, Núria (2023-06-21)

  En aquest projecte es crea una eina que simula el metabolisme cel·lular dels macròfags i compara les diferències metabòliques entre els macròfags exposats i no exposats a una tempesta de citoquines. L'eina és capaç d'integrar ...
• A Bayesian non parametric integration approach for functional regulatory network inference in hematopoietic development from multiomics data

  Alcalà Plazas, Laia C. (2023-06-21)

  Hem desenvolupat un model no paramètric bayesià anomenat Monet (Multi-Omics NETwork inference) per inferir la interacció de la xarxa gen-TF i la força de l'activitat dels TF sense conèixer a priori el número de TF participants ...
• Single-cell analysis of plexiform neurofibromas: heterogeneity and tumor cell-of-origin

  Pericot Masdevall, Pere (2022-06-21)

  La neurofibromatosi tipus 1 (NF1) és un trastorn genètic que predisposa les persones afectades al desenvolupament de tumors al sistema nerviós perifèric, com els neurofibromes plexiformes (pNF). Amb les tecnologies genòmiques ...
• A computational tool to predict T cell tumor reactivity from single-cell transcriptomics data

  Changsheng, Li (2022-06-21)

  Hem desenvolupat "TCRanker", una eina computacional que pren com a entrada dades de seqüenciació d'ARN d'una sola cèl·lula (scRNA-seq) combinades amb dades de seqüenciació de TCR d'una sola cèl·lula (scTCR-seq) i classifica ...
• Integrative analysis of single-cell and spatial transcriptomics characterizes the tumor microenvironment in HGSOC patients

  Cervilla García, Sergi (2022-06-21)

  El microambient tumoral té un rol clau en la iniciació i progressió del càncer d’ovari serós d’alt grau. Per aquesta raó, la seva caracterització podria incrementar el nostre coneixement de la malaltia i el desenvolupament ...
• Predicting the template sequence used in CRISPR experiments

  Escobosa Olmo, Marc (2022-06-15)

  He participat en el desenvolupament de la eina CRISPR-A, el primer mètode basat en NGS per la avaluació de la edició genètica, i he creat tres models “Boscos aleatoris”, cadascun d’ells especialitzat en la predicció de les ...
• Machine learning on gut microbiome reveals potential biomarkers for Parkinson’s diagnosis

  Roda Sánchez, Xènia (2022-06-21)

  Anàlisi del microbioma intestinal amb tècniques d’Intel·ligència Artificial per tal de descobrir biomarcadors de la malaltia de Parkinson a través de diferències entre el microbioma intestinal de subjectes controls i ...
• Prediction of ADMET properties with machine learning: a trustworthy and explainable approach

  Tariq, Zinnera (2022-06-21)

  Els problemes d'eficàcia i seguretat relacionats amb les qualitats d'absorció, distribució, metabolisme, excreció (ADME) i toxicitats diferents (T) són causes importants de falles en el desenvolupament de fàrmacs. Per ...
• Optimization of alignment preprocessing used as input on a residual neural network for substitution model selection

  Vega Méndez, Antón (2022-06-21)

  Quan es realitza la reconstrucció d'un arbre filogenètic, sovint veiem que l'ús d'un model incorrecte d'evolució pot produir un arbre mal modelat, i l'ús dels mètodes utilitzats comunament per fer-ho pot ser computacionalment ...

View more