Chromatin organization and gene expression are interdependent. Previously, our
group showed that nucleosomes form groups, termed clutches, whose size correlates
with cell state.
In this thesis, we carried out 3D, 2-color super-resolution microscopy to image core
histones, DNA and RNA at nanoscale resolution. We identified the “clutch DNA” as
the DNA whose compaction is dependent on the clutch. Moreover, we studied how the
epigenetic state of the clutch alters the radius of the clutch DNA. We also ...
Chromatin organization and gene expression are interdependent. Previously, our
group showed that nucleosomes form groups, termed clutches, whose size correlates
with cell state.
In this thesis, we carried out 3D, 2-color super-resolution microscopy to image core
histones, DNA and RNA at nanoscale resolution. We identified the “clutch DNA” as
the DNA whose compaction is dependent on the clutch. Moreover, we studied how the
epigenetic state of the clutch alters the radius of the clutch DNA. We also identified
nanodomains of nascent RNA, how they fall within the clutch DNA radius, and how
their RNA density is inversely correlated to clutch size.
These results provide novel insights into chromatin organization at the nanoscale level
and show how the clutches affect DNA packaging and transcriptional activity.
+
La organización de la cromatina y la expresión génica son interdependientes.
Previamente, nuestro grupo mostró que los nucleosomas forman grupos llamados
“clutches”, cuyo tamaño está correlacionado con el estado celular.
En esta tesis, se llevó a cabo microscopía de súper resolución en 3D y dos colores
para poder obtener imágenes de histonas, ADN y ARN a una resolución nanoscópica.
Se identificó el “clutch DNA” como aquel ADN cuya compactación es dependiente del
“clutch”. Además, se estudió como ...
La organización de la cromatina y la expresión génica son interdependientes.
Previamente, nuestro grupo mostró que los nucleosomas forman grupos llamados
“clutches”, cuyo tamaño está correlacionado con el estado celular.
En esta tesis, se llevó a cabo microscopía de súper resolución en 3D y dos colores
para poder obtener imágenes de histonas, ADN y ARN a una resolución nanoscópica.
Se identificó el “clutch DNA” como aquel ADN cuya compactación es dependiente del
“clutch”. Además, se estudió como el estado epigenético de los “clutches” altera el
radio del “clutch DNA”. Se identificaron también nanodominios de ARN naciente, cuál
es su ubicación dentro del radio del “clutch DNA”, y como la densidad de ARN está
inversamente correlacionada con el tamaño del “clutch”.
Estos resultados proporcionan nuevas perspectivas en la organización de la
cromatina a escala nanométrica, y muestran como los clutches afectan tanto el
empaquetamiento de ADN como la actividad transcripcional.
+
Programa de doctorat en Biomedicina