Alternative splicing (AS) is a mechanism of post-transcriptional
regulation that plays an important role during development and in the
maintenance of stem cell pluripotency. The dynamics of AS regulation
during somatic cell reprogramming, however, remain poorly understood.
Transient expression of the transcription factor C/EBPα prior to OSKM
induction poises mouse B cells for rapid and efficient reprogramming. In
this study we identified clusters of AS events with characteristic patterns
of changes ...
Alternative splicing (AS) is a mechanism of post-transcriptional
regulation that plays an important role during development and in the
maintenance of stem cell pluripotency. The dynamics of AS regulation
during somatic cell reprogramming, however, remain poorly understood.
Transient expression of the transcription factor C/EBPα prior to OSKM
induction poises mouse B cells for rapid and efficient reprogramming. In
this study we identified clusters of AS events with characteristic patterns
of changes during reprogramming in this system, which partially overlap
with those associated with reprogramming of MEFs. Parallel gene
expression profiling of splicing factors, and enrichment of their predicted
binding sites in the corresponding AS regions, suggested regulatory
mechanisms coordinating key AS changes.
We tested the effect of altering a pronounced switch in isoforms of the
transcription factor LEF1, whose overexpression enhanced the induction
of pluripotency markers in MEFs reprogramming, with greater effect upon
overexpression of the iPS-associated LEF1 isoform. We also studied the
involvement of selected predicted AS regulators in enhancing or
repressing the induction of pluripotency, validating a reprogrammingpromoting
role for CPSF3, DDX56, RBM25 and hnRNP UL1 and a
repressive function for TIA1 and CELF2.
+
El splicing alternativo (AS) es un mecanismo de regulación posttranscripcional
que juega un papel importante durante el desarrollo y en el
mantenimiento de la pluripotencia de las células madre. Sin embargo, se
sabe poco sobre la dinámica de la regulación de AS durante la
reprogramación de células somáticas.
La expresión transitoria del factor de transcripción C/EBPα antes de la
inducción de los factores OSKM predispone las células B primarias de
ratón para una reprogramación rápida y eficiente. ...
El splicing alternativo (AS) es un mecanismo de regulación posttranscripcional
que juega un papel importante durante el desarrollo y en el
mantenimiento de la pluripotencia de las células madre. Sin embargo, se
sabe poco sobre la dinámica de la regulación de AS durante la
reprogramación de células somáticas.
La expresión transitoria del factor de transcripción C/EBPα antes de la
inducción de los factores OSKM predispone las células B primarias de
ratón para una reprogramación rápida y eficiente. En este estudio
identificamos grupos de eventos de AS con patrones característicos de
cambios durante la reprogramación en este sistema, que se superponen
parcialmente con los asociados con la reprogramación de MEFs. Análisis
en paralelo de la expresión génica de los factores de splicing, y el
enriquecimiento de sus secuencias de unión predichas en las regiones de
AS correspondientes, sugieren posibles mecanismos reguladores para la
coordinación de cambios clave en AS.
Analizamos el efecto de alterar un cambio pronunciado en las isoformas
del factor de transcripción LEF1: su sobreexpresión aumenta la inducción
de marcadores de pluripotencia en la reprogramación de MEFs, con un
mayor efecto observado con la sobreexpresión de la isoforma de LEF1
asociada a células iPS. Estudiamos la participación de algunos de los
reguladores de AS predichos para promover o reprimir la inducción de la
pluripotencia: confirmamos un rol de CPSF3, DDX56, RBM25 y hnRNP
UL1 como promotores de reprogramación y una función represiva para
TIA1 y CELF2.
+
Programa de doctorat en Biomedicina