Welcome to the UPF Digital Repository

GPCRmd - A web platform for collection, visualization and analysis of molecular dynamics data for G protein-coupled receptors : Bridging the gap between dynamics and receptor functionality

Show simple item record

dc.contributor.author Rodríguez Espigares, Ismael, 1990-
dc.contributor.other Sanz, Ferran
dc.contributor.other Selent, Jana
dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.date.accessioned 2020-09-24T01:25:50Z
dc.date.available 2020-09-24T01:25:50Z
dc.date.issued 2018-04-04
dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/664667
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/36247
dc.description.abstract In this thesis, we present GPCRmd, an online repository with a submission system and visualization platform specifically designed for storing and providing easy access to molecular dynamics (MD) data of G protein-coupled receptor (GPCR). This database stores MD trajectories and necessary metadata (e.g. force-field, simulation software, integration time-step) for posterior analysis, ensuring data reproducibility and integrity. Importantly, we demonstrate the usefulness of implemented analysis tools in two case studies related to GPCR signaling bias and membrane-induced GPCR modulation. These tools enabled us to detect important structural rearrangement in the initial phase of β-arrestin signaling in the δ-opioid receptor. In addition, we captured relevant molecular mechanisms which are responsible for cholesterol-induced modulation of the 5-HT2A receptor.
dc.description.abstract Aquí presentem el GPCRmd, un repositori en línia amb un sistema de dipòsit i una plataforma de visualització dissenyats específicament per oferir l’emmagatzematge i un fàcil accés a dades dinàmica molecular (MD) de receptors acoblats a proteïnes G (GPCRs). Aquesta base de dades emmagatzema trajectòries de MD i les metadades (per exemple, el programari de simulació, el camp de força o el temps d'integració) necessàries per a una anàlisi posterior, garantint la reproductibilitat i la integritat de les dades. És important destacar la utilitat de les eines d'anàlisi implementades en dos estudis de cas relacionats amb el biaix de senyalització de GPCRs i la modulació de GPCRs induïda per membrana. Aquestes eines ens han permès detectar una important reordenació estructural en la fase inicial de senyalització per β-arrestina en el receptor δ-opioide. A més, hem capturat el mecanismes moleculars rellevants responsables de la modulació induïda per colesterol del receptor 5-HT2A.
dc.format application/pdf
dc.format 151 p.
dc.language.iso eng
dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.title GPCRmd - A web platform for collection, visualization and analysis of molecular dynamics data for G protein-coupled receptors : Bridging the gap between dynamics and receptor functionality
dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.modified 2020-09-21T15:13:09Z
dc.subject.keyword Molecular dynamics
dc.subject.keyword G protein-coupled receptors
dc.subject.keyword Repository
dc.subject.keyword Membrane-induced effects
dc.subject.keyword Biased signaling
dc.subject.keyword Dinàmica molecular
dc.subject.keyword Receptors acoblats a proteïnes G
dc.subject.keyword Repositori
dc.subject.keyword Efectes induïts per membrana
dc.subject.keyword Biaix de senyalització
dc.subject.keyword 577


Files in this item

Files Size Format View

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search DSpace


Advanced Search

Browse

My Account

Statistics

Compliant to Partaking